psth exercises

programming/exercises/plotting_psth.tex

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+
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+
+%%%%% text size %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+\usepackage[left=20mm,right=20mm,top=25mm,bottom=25mm]{geometry}
+\pagestyle{headandfoot} \header{{\bfseries\large \"Ubung
+    }}{{\bfseries\large Peri Stimulus Time Histogram}}{{\bfseries\large 28. Oktober, 2015}}
+\firstpagefooter{Dr. Jan Grewe}{Phone: 29 74588}{Email:
+  jan.grewe@uni-tuebingen.de} \runningfooter{}{\thepage}{}
+
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+
+\newcommand{\code}[1]{\texttt{#1}}
+\renewcommand{\solutiontitle}{\noindent\textbf{L\"osung:}\par\noindent}
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% 
+\begin{document}
+
+\vspace*{-6.5ex}
+\begin{center}
+  \textbf{\Large Einf\"uhrung in die wissenschaftliche Datenverarbeitung}\\[1ex]
+  {\large Jan Grewe, Jan Benda}\\[-3ex]
+  Abteilung Neuroethologie \hfill --- \hfill Institut f\"ur Neurobiologie \hfill --- \hfill \includegraphics[width=0.28\textwidth]{UT_WBMW_Black_RGB} \\
+\end{center}
+
+\begin{questions}
+  \question Graphische Darstellung der zeitabh\"angigen Antwort eines
+  Neurons. PSTH auf Basis der instantanen Feuerrate. Verwendet den Datensatz \code{}
+  \begin{parts}
+    \part Schreibt eine Funktion, die einen Vektor mit Spikezeiten,
+    die Dauer des Trials, und die zeitliche Aufl\"osung entgegennimmt
+    und die Zeitachse sowie die Feuerrate zur\"uckgiebt.
+    \part Benutzt diese Funktion in einem Skript und stellt das PSTH
+    eines einzelnen Trials sowie den Mittelwert \"uber alle Trials
+    dar.
+    \part Erweitert das Programm so, dass die Abbildung den Standards
+    z.B. vom \textit{Journal of Neuroscience} entspricht
+    (Schriftgr\"o{\ss}e, Abbildungsgr\"o{\ss}e).
+    \part Die Abbildung sollte als pdf gespeichert werden.
+  \end{parts}
+
+  \question Wie zuvor nur unter Verwendung der Binning Methode.
+
+  \question Wie zuvor nur unter Verwendung der Faltungsmethode.
+
+  \question Entscheidet euch f\"ur eine Varainte und erweitert das
+  entsprechende Skript, sodass auch die Interspikeintervallverteilung
+  und die Verteilung der Spikecounts dargestellt werden. Die
+  Abbildungen sollten nat\"urlich ``publikationsreif'' sein und
+  gespeichert werden.
+  
+  \question Einige trials sind anders als die \"Ubrigen. Benutzt den
+  Rasterplot um sie zu finden. Speichert alle Abbildungen in
+  ``publikationsreifer'' Form.
+  \begin{parts}
+    \part Benutzt den Rasterplot um sie zu finden.
+    \part Plottet die Verteilung der Spike counts.
+    \part Filtert all die trials heraus, deren spike count mehr als
+    $2\sigma$ vom Mittelwert abweicht.
+    \part Plottet das PSTH vor und nach dem Filtern.
+  \end{parts}
+
+\end{questions}
+
+\end{document}