diff --git a/programming/exercises/plotting_psth.tex b/programming/exercises/plotting_psth.tex new file mode 100644 index 0000000..8dcee53 --- /dev/null +++ b/programming/exercises/plotting_psth.tex @@ -0,0 +1,78 @@ +\documentclass[12pt,a4paper,pdftex]{exam} + +\usepackage[german]{babel} +\usepackage{natbib} +\usepackage{graphicx} +\usepackage[small]{caption} +\usepackage{sidecap} +\usepackage{pslatex} +\usepackage{amsmath} +\usepackage{amssymb} +\setlength{\marginparwidth}{2cm} +\usepackage[breaklinks=true,bookmarks=true,bookmarksopen=true,pdfpagemode=UseNone,pdfstartview=FitH,colorlinks=true,citecolor=blue]{hyperref} + +%%%%% text size %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% +\usepackage[left=20mm,right=20mm,top=25mm,bottom=25mm]{geometry} +\pagestyle{headandfoot} \header{{\bfseries\large \"Ubung + }}{{\bfseries\large Peri Stimulus Time Histogram}}{{\bfseries\large 28. Oktober, 2015}} +\firstpagefooter{Dr. Jan Grewe}{Phone: 29 74588}{Email: + jan.grewe@uni-tuebingen.de} \runningfooter{}{\thepage}{} + +\setlength{\baselineskip}{15pt} +\setlength{\parindent}{0.0cm} +\setlength{\parskip}{0.3cm} +\renewcommand{\baselinestretch}{1.15} + +\newcommand{\code}[1]{\texttt{#1}} +\renewcommand{\solutiontitle}{\noindent\textbf{L\"osung:}\par\noindent} + +%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% +\begin{document} + +\vspace*{-6.5ex} +\begin{center} + \textbf{\Large Einf\"uhrung in die wissenschaftliche Datenverarbeitung}\\[1ex] + {\large Jan Grewe, Jan Benda}\\[-3ex] + Abteilung Neuroethologie \hfill --- \hfill Institut f\"ur Neurobiologie \hfill --- \hfill \includegraphics[width=0.28\textwidth]{UT_WBMW_Black_RGB} \\ +\end{center} + +\begin{questions} + \question Graphische Darstellung der zeitabh\"angigen Antwort eines + Neurons. PSTH auf Basis der instantanen Feuerrate. Verwendet den Datensatz \code{} + \begin{parts} + \part Schreibt eine Funktion, die einen Vektor mit Spikezeiten, + die Dauer des Trials, und die zeitliche Aufl\"osung entgegennimmt + und die Zeitachse sowie die Feuerrate zur\"uckgiebt. + \part Benutzt diese Funktion in einem Skript und stellt das PSTH + eines einzelnen Trials sowie den Mittelwert \"uber alle Trials + dar. + \part Erweitert das Programm so, dass die Abbildung den Standards + z.B. vom \textit{Journal of Neuroscience} entspricht + (Schriftgr\"o{\ss}e, Abbildungsgr\"o{\ss}e). + \part Die Abbildung sollte als pdf gespeichert werden. + \end{parts} + + \question Wie zuvor nur unter Verwendung der Binning Methode. + + \question Wie zuvor nur unter Verwendung der Faltungsmethode. + + \question Entscheidet euch f\"ur eine Varainte und erweitert das + entsprechende Skript, sodass auch die Interspikeintervallverteilung + und die Verteilung der Spikecounts dargestellt werden. Die + Abbildungen sollten nat\"urlich ``publikationsreif'' sein und + gespeichert werden. + + \question Einige trials sind anders als die \"Ubrigen. Benutzt den + Rasterplot um sie zu finden. Speichert alle Abbildungen in + ``publikationsreifer'' Form. + \begin{parts} + \part Benutzt den Rasterplot um sie zu finden. + \part Plottet die Verteilung der Spike counts. + \part Filtert all die trials heraus, deren spike count mehr als + $2\sigma$ vom Mittelwert abweicht. + \part Plottet das PSTH vor und nach dem Filtern. + \end{parts} + +\end{questions} + +\end{document} \ No newline at end of file