[exercise] translate psth exercise

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Jan Grewe 2017-12-11 17:17:09 +01:00
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\usepackage[left=20mm,right=20mm,top=25mm,bottom=25mm]{geometry} \usepackage[left=20mm,right=20mm,top=25mm,bottom=25mm]{geometry}
\pagestyle{headandfoot} \header{{\bfseries\large \"Ubung \pagestyle{headandfoot} \header{{\bfseries\large Exercise
}}{{\bfseries\large Zeitabh\"angige Feuerrate}}{{\bfseries\large 13. Dezember, 2016}} }}{{\bfseries\large Time-dependent firing rate}}{{\bfseries\large December, 12, 2017}}
\firstpagefooter{Dr. Jan Grewe}{Phone: 29 74588}{Email: \firstpagefooter{Dr. Jan Grewe}{Phone: 29 74588}{Email:
jan.grewe@uni-tuebingen.de} \runningfooter{}{\thepage}{} jan.grewe@uni-tuebingen.de} \runningfooter{}{\thepage}{}
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\newcommand{\code}[1]{\texttt{#1}} \newcommand{\code}[1]{\texttt{#1}}
\renewcommand{\solutiontitle}{\noindent\textbf{L\"osung:}\par\noindent} \renewcommand{\solutiontitle}{\noindent\textbf{Solution}\par\noindent}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document} \begin{document}
\vspace*{-6.5ex} \vspace*{-6.5ex}
\begin{center} \begin{center}
\textbf{\Large Einf\"uhrung in die wissenschaftliche Datenverarbeitung}\\[1ex] \textbf{\Large Introduction to scientific computing.}\\[1ex]
{\large Jan Grewe, Jan Benda}\\[-3ex] {\large Jan Grewe, Jan Benda}\\[-3ex]
Abteilung Neuroethologie \hfill --- \hfill Institut f\"ur Neurobiologie \hfill --- \hfill \includegraphics[width=0.28\textwidth]{UT_WBMW_Black_RGB} \\ Abteilung Neuroethologie \hfill --- \hfill Institut f\"ur Neurobiologie \hfill --- \hfill \includegraphics[width=0.28\textwidth]{UT_WBMW_Black_RGB} \\
\end{center} \end{center}
\begin{questions} \begin{questions}
\question Stelle die zeitabh\"angige Feuerrate eines Neurons \question Plot the time-dependent firing rate of a neuron. Calculate
dar. Diese soll auf Basis der instantanen Feuerrate (des the firing rate from the instantaneous firing rate (based on the
Interspikeintervals) berechnet werden. Verwende dazu den Datensatz interspike interval). Use the \code{lifoustim.mat}. The dataset
\code{lifoustim.mat}. Dieser enth\"at drei Variablen: 1. die contains three variables. 1st the spike times in different trials,
Spikezeiten, 2. den Stimulus und 3. die zeitliche Aufl\"osung. Die 2nd the stimulus, and 3rd the temporal resolution. The total
Dauer eines Trials betr\"agt 30 Sekunden. duration of each trial amounts to 30 seconds.
\begin{parts} \begin{parts}
\part Schreibe eine Funktion, die einen Vektor mit Spikezeiten, \part{} Write a function that takes three arguments: the spike
die Dauer des Trials, und die zeitliche Aufl\"osung entgegennimmt times of a single trial, the trial duration and the temporal
und die Zeitachse sowie die Feuerrate zur\"uckgibt. resolution. The function should return the time values and the
\part Benutze diese Funktion in einem Skript und stellt die Feuerrate firing rate in $Hz$.
eines einzelnen Trials sowie den Mittelwert \"uber alle Trials \part{} Write a script that applies the above function to estimate
dar. the firing rate of each trial. Plot a single individual responses
\part Erweitere das Programm so, dass die Abbildung den Richtlinien and the average response as a function of time into the same plot.
des \textit{Journal of Neuroscience} entspricht \part{} Extend your program that it saves the figure in a format
(Schriftgr\"o{\ss}e, Abbildungsgr\"o{\ss}e). according to the rules given by the \textit{Journal of
\part Die Abbildung sollte als pdf gespeichert werden. Neuroscience}. This relates to the figure size and the
fontsizes.
\part{} Store the figure in pdf format.
\end{parts} \end{parts}
\question Wie zuvor nur unter Verwendung der Binning Methode. \question{} As before but use the binning method.
\question Entscheide dich f\"ur eine Varainte und erweitere das \question{} Extend your script that it also plots the interspike
entsprechende Skript, sodass auch die Interspikeintervallverteilung interval histogram and the distribution of spike counts into
und die Verteilung der Spikecounts graphisch dargestellt werden. Die separate figures. Save the figures to file using the pdf format.
entsprechenden Abbildungen sollten als pdf gespeichert werden.
\question Einige Trials sind anders als die \"Ubrigen. Benutze den \question{} Some trials are different from the others.
Rasterplot um sie zu finden. Speichere die generierten Abbildungen.
\begin{parts} \begin{parts}
\part Benutze den Rasterplot um sie zu finden. Worin unterscheiden sie sich von den anderen? \part{} Use the rasterplot to identify them. In which sense
\part Plotte die Verteilung der Spike counts. are they different from the others? Save the rasterplot in pdf
\part Filtere all die Trials heraus, deren Spikecount mehr als format.
$2\sigma$ vom Mittelwert abweicht. \part{} Identify those trial in which the total spike count
\part Plotte die Feuerrate vor und nach dem Filtern. deviates more than $2\sigma$ from the average.
\end{parts} \end{parts}
\end{questions} \end{questions}