diff --git a/spike_trains/exercises/psth.tex b/spike_trains/exercises/psth.tex index e19fb40..2722e9e 100644 --- a/spike_trains/exercises/psth.tex +++ b/spike_trains/exercises/psth.tex @@ -13,8 +13,8 @@ %%%%% text size %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% \usepackage[left=20mm,right=20mm,top=25mm,bottom=25mm]{geometry} -\pagestyle{headandfoot} \header{{\bfseries\large \"Ubung - }}{{\bfseries\large Zeitabh\"angige Feuerrate}}{{\bfseries\large 13. Dezember, 2016}} +\pagestyle{headandfoot} \header{{\bfseries\large Exercise + }}{{\bfseries\large Time-dependent firing rate}}{{\bfseries\large December, 12, 2017}} \firstpagefooter{Dr. Jan Grewe}{Phone: 29 74588}{Email: jan.grewe@uni-tuebingen.de} \runningfooter{}{\thepage}{} @@ -24,53 +24,54 @@ \renewcommand{\baselinestretch}{1.15} \newcommand{\code}[1]{\texttt{#1}} -\renewcommand{\solutiontitle}{\noindent\textbf{L\"osung:}\par\noindent} +\renewcommand{\solutiontitle}{\noindent\textbf{Solution}\par\noindent} %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% \begin{document} \vspace*{-6.5ex} \begin{center} - \textbf{\Large Einf\"uhrung in die wissenschaftliche Datenverarbeitung}\\[1ex] + \textbf{\Large Introduction to scientific computing.}\\[1ex] {\large Jan Grewe, Jan Benda}\\[-3ex] Abteilung Neuroethologie \hfill --- \hfill Institut f\"ur Neurobiologie \hfill --- \hfill \includegraphics[width=0.28\textwidth]{UT_WBMW_Black_RGB} \\ \end{center} \begin{questions} - \question Stelle die zeitabh\"angige Feuerrate eines Neurons - dar. Diese soll auf Basis der instantanen Feuerrate (des - Interspikeintervals) berechnet werden. Verwende dazu den Datensatz - \code{lifoustim.mat}. Dieser enth\"at drei Variablen: 1. die - Spikezeiten, 2. den Stimulus und 3. die zeitliche Aufl\"osung. Die - Dauer eines Trials betr\"agt 30 Sekunden. + \question Plot the time-dependent firing rate of a neuron. Calculate + the firing rate from the instantaneous firing rate (based on the + interspike interval). Use the \code{lifoustim.mat}. The dataset + contains three variables. 1st the spike times in different trials, + 2nd the stimulus, and 3rd the temporal resolution. The total + duration of each trial amounts to 30 seconds. + \begin{parts} - \part Schreibe eine Funktion, die einen Vektor mit Spikezeiten, - die Dauer des Trials, und die zeitliche Aufl\"osung entgegennimmt - und die Zeitachse sowie die Feuerrate zur\"uckgibt. - \part Benutze diese Funktion in einem Skript und stellt die Feuerrate - eines einzelnen Trials sowie den Mittelwert \"uber alle Trials - dar. - \part Erweitere das Programm so, dass die Abbildung den Richtlinien - des \textit{Journal of Neuroscience} entspricht - (Schriftgr\"o{\ss}e, Abbildungsgr\"o{\ss}e). - \part Die Abbildung sollte als pdf gespeichert werden. + \part{} Write a function that takes three arguments: the spike + times of a single trial, the trial duration and the temporal + resolution. The function should return the time values and the + firing rate in $Hz$. + \part{} Write a script that applies the above function to estimate + the firing rate of each trial. Plot a single individual responses + and the average response as a function of time into the same plot. + \part{} Extend your program that it saves the figure in a format + according to the rules given by the \textit{Journal of + Neuroscience}. This relates to the figure size and the + fontsizes. + \part{} Store the figure in pdf format. \end{parts} - \question Wie zuvor nur unter Verwendung der Binning Methode. + \question{} As before but use the binning method. + + \question{} Extend your script that it also plots the interspike + interval histogram and the distribution of spike counts into + separate figures. Save the figures to file using the pdf format. - \question Entscheide dich f\"ur eine Varainte und erweitere das - entsprechende Skript, sodass auch die Interspikeintervallverteilung - und die Verteilung der Spikecounts graphisch dargestellt werden. Die - entsprechenden Abbildungen sollten als pdf gespeichert werden. - - \question Einige Trials sind anders als die \"Ubrigen. Benutze den - Rasterplot um sie zu finden. Speichere die generierten Abbildungen. + \question{} Some trials are different from the others. \begin{parts} - \part Benutze den Rasterplot um sie zu finden. Worin unterscheiden sie sich von den anderen? - \part Plotte die Verteilung der Spike counts. - \part Filtere all die Trials heraus, deren Spikecount mehr als - $2\sigma$ vom Mittelwert abweicht. - \part Plotte die Feuerrate vor und nach dem Filtern. + \part{} Use the rasterplot to identify them. In which sense + are they different from the others? Save the rasterplot in pdf + format. + \part{} Identify those trial in which the total spike count + deviates more than $2\sigma$ from the average. \end{parts} \end{questions}