new figures

programming/exercises/psths.m

@@ -24,6 +24,7 @@ ylabel('firing rate [Hz]')
 ylim([0 300])
 xlim([0 1])
 title('instanataneous firing rate')
+saveas(fig, 'isi.pdf','pdf')
 
 %% create PSTH using the binning method
 bin_width = 0.0125; % s
@@ -49,7 +50,7 @@ xlim([0 1])
 xlabel('time [s]')
 ylabel('firing rate [Hz]')
 title('binning method')
-
+saveas(fig, 'binning.pdf', 'pdf')
 %% create PSTH using the kernel-convolution method
 kernel_width = 0.0125; %s
 binary_spikes = zeros(size(times,2), round(max_time*sample_rate));

programming/lectures/plotting_spike_trains.tex

@@ -137,6 +137,42 @@
 \end{frame}
 
 
+\begin{frame} [fragile]
+ \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
+ \framesubtitle{Ver\"andern von Eigenschaften \"uber die Kommandozeile}
+ \vspace{-0.75em}
+ \scriptsize
+  \begin{lstlisting}
+fig = figure();
+set(gcf, 'PaperUnits', 'centimeters', 'PaperSize', [11.7 9.0]);
+set(gcf, 'PaperPosition',[0.0 0.0 11.7 9.0], 'Color', 'white')
+hold on
+plot(time, neuronal_data, 'color', [ 0.2 0.5 0.7], 'linewidth', 1.)
+plot(spike_times, ones(size(spike_times))*threshold, 'ro', 'markersize', 4)
+line([time(1) time(end)], [threshold threshold], 'linestyle', '--',
+    'linewidth', 0.75, 'color', [0.9 0.9 0.9])
+ylim([0 35])
+xlim([0 2.25])
+box('off')
+xlabel('time [s]', 'fontname', 'MyriadPro-Regular', 'fontsize', 10)
+ylabel('potential [mV]', 'fontname', 'MyriadPro-Regular', 'fontsize', 10)
+title('pyramidal cell', 'fontname', 'MyriadPro-Regular', 'fontsize', 12)
+set(gca, 'TickDir','out', 'linewidth', 1.5, 'fontname', 'MyriadPro-Regular')
+saveas(fig, 'spike_detection.pdf', 'pdf')
+\end{lstlisting}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame} [fragile]
+ \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
+ \framesubtitle{Ver\"andern von Eigenschaften \"uber die Kommandozeile}
+     \begin{figure}
+      \centering
+      \includegraphics[width=0.75\columnwidth]{./images/spike_detection}
+    \end{figure}
+\end{frame}
+
+
 \begin{frame} [fragile]
  \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
  \framesubtitle{Welche Art Plot wof\"ur?}
@@ -183,11 +219,33 @@
   \end{enumerate}
 \end{frame}
 
+\begin{frame}[fragile]
+  \frametitle{Fortgeschrittene Datenstrukturen I}
+  \framesubtitle{Cell Arrays}
+  \scriptsize
+  \begin{lstlisting}
+>> % create a cell array
+>> cell_array = {};
+>>
+>> % assignment of arbitrary content
+>> cell_array{1} = ones(100,1);
+>> cell_array{2} = ones(10000,100);
+>> cell_array{3} = 'das ist ein Test';
+>> cell_array{4} = {};
+>>
+>> % accessing of content
+>> size(cell_array{1})
+  ans = 
+     100     1
+>>
+  \end{lstlisting}
+\end{frame}
 
 \begin{frame}[plain]
 \huge{3. Spiketrain Analyse I}
 \end{frame}
 
+
 \begin{frame}
   \frametitle{Spiketrain Analyse I}
   \framesubtitle{Rasterplot}
@@ -195,18 +253,18 @@
     \centering
     \includegraphics[width=0.375\columnwidth]{images/rasterplot}
   \end{figure}
-  Wof\"ur eignet sich ein solcher Rasterplot (auch \textit{dotdisplay} genannt)?
 \end{frame}
 
+
 \begin{frame}
   \frametitle{Spiketrain Analyse I}
   \framesubtitle{Rasterplot}
   \"Ubung:
   \begin{enumerate}
-    \item Ladet die Datei: spike\_times.mat aus dem Ilias Ordner
+    \item Ladet die Datei: electrorecptor\_spike\_times.mat aus dem Ilias Ordner. 
+    \item Der Datensatz enth\"alt die Zeiten von Aktionspotentialen. 
     \item Schaut euch den Inhalt und skizziert wie das Problem gel\"ost werden k\"onnte.
     \item Erzeugt einen Rasterplot.
-    \item Der sch\"onste wird pr\"amiert.
   \end{enumerate}
 \end{frame}
 
@@ -221,7 +279,7 @@
   \end{enumerate}
   \begin{figure}
     \centering
-    \includegraphics[width=0.75\columnwidth]{images/isi}
+    \includegraphics[width=0.5\columnwidth]{images/isi}
   \end{figure}
 \end{frame}
 
@@ -238,40 +296,59 @@
   \end{enumerate}\pause
   \begin{figure}
     \centering
-    \includegraphics[width=0.75\columnwidth]{images/binning}
+    \includegraphics[width=0.5\columnwidth]{images/binning}
   \end{figure}
 \end{frame}
 
 
-\begin{frame}
+\begin{frame}[fragile]
   \frametitle{Spiketrain Analyse I}
   \framesubtitle{Feuerrate \"uber die Zeit}
   \begin{enumerate}
   \item Z.B. das \textbf{P}eri- \textbf{S}timulus - \textbf{T}ime -
     \textbf{H}istogram, \textbf{PSTH}
   \item Wird berechnet indem man die Aktivit\"at bin\"ar ausdr\"uckt.
-  \item Jede 1 wird dann duch einen bestimmten ``Kern'' ersetzt.
-  \item Der Vorgagn heisst Verfaltung (convolution).
+  \item Jede 1 wird dann duch einen ``Kern'' ersetzt.
+  \item Der Vorgang heisst Faltung (\verb+conv+).
   \end{enumerate}\pause
   \begin{figure}
     \centering
-    \includegraphics[width=0.75\columnwidth]{images/convolution}
+    \includegraphics[width=0.5\columnwidth]{images/conv}
   \end{figure}
 \end{frame}
 
 
 \begin{frame} [fragile]
- \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
+ \frametitle{Spiketrain Analyse I}
  \framesubtitle{\"Ubung}
  \begin{enumerate}
- \item Nehmt euch einen beliebigen Datenplot vor und macht ihn \textbf{sch\"on}.
+ \item Berechnet die Feuerrate eines Neurons mit einer der drei Methoden.
  \item Die Abbildung soll f\"ur eine einspaltige Abbildung im
    \textit{Journal of Neuroscience} geeignet sein
    (\url{http://www.jneurosci.org/site/misc/ifa_illustrations.xhtml}).
  \item Erzeugt/ver\"andert/erweitert das Programm zum plotten so, dass
    die Abbildung automatisch erstellt und gespeichert wird.
  \item Speichert die Abbildung als pdf.
+ \item Ladet den Stimulus aus dem Ilias Ordner und benutzt die
+   \verb+subplot+ Funktion um den Stimulus zu der neuronalen
+   Aktivit\"at zu plotten.
  \end{enumerate}
 \end{frame}
 
+\begin{frame}[fragile]
+  \frametitle{Spiketrain Analyse}
+  \framesubtitle{Spike-Triggered-Average}
+  \begin{enumerate}
+  \item Der \textbf{STA} ist der mittlere Stimulus, der zu einem Aktionspotential f\"uhrt. 
+  \item F\"ur jeden Spike wird ein entsprechender Abschnitt um die Zeit des Spikes herausgeschnitten.
+  \item Die einzelen Stimulussegmente werden gemittelt.
+  \end{enumerate}\pause
+  \begin{figure}
+    \centering
+    \includegraphics[width=0.5\columnwidth]{images/sta}
+  \end{figure}
+\end{frame}
+
+
+
 \end{document}