Merge branch 'programmingstyle' of raven.am28.uni-tuebingen.de:scientificComputing

Makefile

@@ -1,6 +1,6 @@
 BASENAME=scientificcomputing-script
 
-SUBDIRS=programming plotting statistics bootstrap regression likelihood pointprocesses designpattern
+SUBDIRS=programming plotting programmingstyle statistics bootstrap regression likelihood pointprocesses designpattern
 SUBTEXS=$(foreach subd, $(SUBDIRS), $(subd)/lecture/$(subd).tex)
 
 pdf : chapters $(BASENAME).pdf

header.tex

@@ -171,6 +171,7 @@
 \newcommand{\enterm}[1]{``#1''}
 \newcommand{\determ}[1]{\textit{#1}}
 \newcommand{\codeterm}[1]{\textit{#1}}
+\newcommand{\keycode}[1]{\texttt{#1}}
 \newcommand{\file}[1]{\texttt{#1}}
 
 %%%%% code/matlab commands: %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

programmingstyle/code/calculate_sines.m

@@ -0,0 +1,30 @@
+function sines = calculate_sines(x, amplitudes, frequencies)
+  % Function calculates sinewaves with all combinations of 
+  % given amplitudes and frequencies.
+  % Arguments:   x, a vector of radiants for which the sine should be
+  %              computed.
+  %              amplitudes, a vector of amplitudes.
+  %              frequencies, a vector of frequencies.
+  %
+  % Returns:     a 3-D Matrix of sinewaves, 2nd dimension represents
+  %              the amplitudes, 3rd the frequencies.
+  
+  sines = zeros(length(x), length(amplitudes), length(frequencies));
+
+  for i = 1:length(amplitudes)
+    sines(:,i,:) = sines_with_frequencies(x, amplitudes(i), frequencies); 
+  end
+end
+
+
+function sines = sines_with_frequencies(x, amplitude, frequencies)
+  sines = zeros(length(x), length(frequencies));
+  for i = 1:length(frequencies)
+    sines(:,i) = sinewave(x, amplitude, frequencies(i));
+  end
+end
+
+
+function sine = sinewave(x, amplitude, frequency)
+    sine = sin(2 .* pi .* x *frequency) .* amplitude; 
+end

programmingstyle/lecture/Makefile

@@ -0,0 +1,31 @@
+BASENAME=programmingstyle
+
+#TEXFILES=programmingstyle.tex
+
+PYFILES=$(wildcard *.py)
+PYPDFFILES=$(PYFILES:.py=.pdf)
+
+all : pdf 
+
+# script:
+pdf : $(BASENAME)-chapter.pdf
+
+$(BASENAME)-chapter.pdf : $(BASENAME)-chapter.tex $(BASENAME).tex $(PYPDFFILES) ../../header.tex
+	pdflatex -interaction=scrollmode $< | tee /dev/stderr | fgrep -q "Rerun to get cross-references right" && pdflatex -interaction=scrollmode $< || true
+
+$(PYPDFFILES) : %.pdf : %.py
+	python $<
+
+clean :
+	rm -f *~ 
+	rm -f $(BASENAME).aux $(BASENAME).log
+	rm -f $(BASENAME)-chapter.aux $(BASENAME)-chapter.log $(BASENAME)-chapter.out
+	rm -f $(PYPDFFILES) $(GPTTEXFILES)
+
+cleanall : clean
+	rm -f $(BASENAME)-chapter.pdf
+
+watchpdf :
+	while true; do ! make -q pdf && make pdf; sleep 0.5; done
+
+

programmingstyle/lecture/beamercolorthemetuebingen.sty

@@ -0,0 +1,61 @@
+% Copyright 2007 by Till Tantau
+%
+% This file may be distributed and/or modified
+%
+% 1. under the LaTeX Project Public License and/or
+% 2. under the GNU Public License.
+%
+% See the file doc/licenses/LICENSE for more details.
+
+\usepackage{color} 
+\definecolor{karminrot}{RGB}{165,30,55}
+\definecolor{gold}{RGB}{180,160,105}
+\definecolor{anthrazit}{RGB}{50 ,65 ,75 }
+
+\mode<presentation>
+
+\setbeamercolor*{normal text}{fg=anthrazit,bg=white}
+\setbeamercolor*{alerted text}{fg=anthrazit}
+\setbeamercolor*{example text}{fg=anthrazit}
+\setbeamercolor*{structure}{fg=gold,bg=karminrot}
+
+\providecommand*{\beamer@bftext@only}{%
+  \relax
+  \ifmmode
+    \expandafter\beamer@bftext@warning
+  \else
+    \expandafter\bfseries
+  \fi
+}
+\providecommand*{\beamer@bftext@warning}{%
+  \ClassWarning{beamer}
+    {Cannot use bold for alerted text in math mode}%
+}
+
+\setbeamerfont{alerted text}{series=\beamer@bftext@only}
+
+\setbeamercolor{palette primary}{fg=karminrot,bg=white}
+\setbeamercolor{palette secondary}{fg=gold,bg=white}
+\setbeamercolor{palette tertiary}{fg=anthrazit,bg=white}
+\setbeamercolor{palette quaternary}{fg=black,bg=white}
+
+\setbeamercolor{sidebar}{bg=karminrot!100}
+
+\setbeamercolor{palette sidebar primary}{fg=karminrot}
+\setbeamercolor{palette sidebar secondary}{fg=karminrot}
+\setbeamercolor{palette sidebar tertiary}{fg=karminrot}
+\setbeamercolor{palette sidebar quaternary}{fg=karminrot}
+
+\setbeamercolor{item projected}{fg=black,bg=black!20}
+
+\setbeamercolor*{block body}{}
+\setbeamercolor*{block body alerted}{}
+\setbeamercolor*{block body example}{}
+\setbeamercolor*{block title}{parent=structure}
+\setbeamercolor*{block title alerted}{parent=alerted text}
+\setbeamercolor*{block title example}{parent=example text}
+
+\setbeamercolor*{titlelike}{parent=structure}
+
+\mode
+<all>

programmingstyle/lecture/programmingstyle-chapter.tex

@@ -0,0 +1,17 @@
+\documentclass[12pt]{report}
+
+\input{../../header}
+
+\lstset{inputpath=../code}
+
+\graphicspath{{figures/}}
+
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+\begin{document} 
+
+\include{programmingstyle}
+
+\end{document}
+

programmingstyle/lecture/programmingstyle.tex

@@ -0,0 +1,378 @@
+\chapter{\tr{Programming style}{Programmierstil}}
+
+Guter Programmierstil ist keine Frage des guten Geschmacks sondern des
+Verst\"andnisses von Programmcode und ein Baustein in dem Bestreben
+wissenschaftlichen Erkenntnisgewinn reproduzierbar zu
+machen. 
+
+Programme sollten so geschrieben und strukturiert sein, dass es sowohl
+einem Au{\ss}enstehenden als auch einem selbst, nach ein paar Monaten,
+leicht f\"allt den Programmablauf nachzuvollziehen und zu
+verstehen. Saubere Programmierung zahlt sich aber in erster Linie
+f\"ur den Verfasser eines Programmes aus.
+
+Guter Programmierstil greift auf unterschiedlichen Ebenen an:
+\begin{enumerate}
+\item Die Struktur von Programmen.
+\item Die Namensgebung von Skripten und Funktionen.  
+\item Die Namensgebung f\"ur Variablen und Konstanten.
+\item Die Verwendung von Einr\"uckungen und Leerzeilen um Bl\"ocke im
+  Code hervorzuheben.
+\item Verwendung von Kommentaren und Hilfetexten.
+\item Auslagerung von Funktionalit\"at in eigene Funktionen.
+\end{enumerate}
+
+\section{Organisation von m-Files im Dateisystem}
+
+In der Einf\"uhrung zu Funktionen und Skripten wurde schon einmal ein
+typisches Programmlayout vorgestellt (\figref{programlayoutfig}). Hier
+wurde vorgeschlagen ein Skript als Kontrollskript zu verwenden. Dieses
+kontrolliert den weiteren Programmablauf, ruft Funktionen auf,
+\"ubergibt Argumente und nimmt R\"uckgabewerte entgegen. Eine solche
+Struktur macht es einfach den Ablauf zu verstehen. Es bleibt aber die
+Frage, wie man das Kontrollskript unter den anderen \codeterm{m-files}
+als solches erkennt. Um dieses zu erleichtern gilt es zwei Dinge zu
+beachten: (i) Wie werden Programme im Dateisystem organisiert? (ii) Wie
+werden Programme benannt?
+
+Es hilft ungemein, wenn zusammengeh\"orige Skripte und Funktionen im
+gleichen Ordner auf der Festplatte zu finden sind. Es bietet sich also
+an, f\"ur jede Analyse einen eigenen Ordner anzulegen und in diesem
+die zugeh\"origen \codeterm{m-files} abzulegen. Auf eine tiefere
+Schachtelung in weitere Unterordner kann in der Regel verzichtet
+werden. \matlab{} erzeugt einen ``MATLAB'' Ordner im eigenen
+\file{Documents} (Linux) oder \file{Eigene Dokumente} (Windows)
+Ordner. Es bietet sich an, diesen Ordner als Wurzelverzeichnis f\"ur
+eigene Arbeiten zu verwenden. Nat\"urlich kann auch jeder andere Ort
+gew\"ahlt werden. In dem Beispiel in \figref{fileorganizationfig} wird
+innerhalb dieses Ordners f\"ur jedes Projekt ein eigener Unterordner
+erstellt, in welchem wiederum f\"ur jedes Problem, jede Analyse ein
+weiterer Unterodner erstellt wird. In diesen liegen sowohl die
+ben\"otigten \codeterm{m-files} also auch die Resultate der Analyse
+(Abbildungen, Daten-Dateien). Zu bemerken sind noch zwei weitere
+Dinge. Im Projektordner existiert ein Skript (analysis.m), das dazu
+gedacht ist, alle Analysen aufzurufen. Des Weiteren gibt es parallel
+zu den Projektordnern einen \file{functions}-Ordner in dem Funktionen
+liegen, die in mehr als einem Projekt oder einer Analyse gebraucht
+werden.
+
+Beim Betrachten dieses Layouts f\"allt auf, dass es sehr
+wahrscheinlich ist, dass bestimmte Namen f\"ur Funktionen und Skripte
+mehrfach verwendet werden. Es ist nicht verwunderlich, wenn eine
+\file{load\_data.m} Funktion in jeder Analyse vorkommt. In der Regel
+wird dies nicht zu Konflikten f\"uhren, da \matlab{} zuerst im
+aktuellen Ordner nach passenden Dateien sucht (mehr Information zum
+\matlab-Suchpfad in Box~\ref{matlabpathbox}).
+
+\begin{figure}[tp]
+  \includegraphics[width=0.75\textwidth]{program_organization}
+  \titlecaption{\label{fileorganizationfig} M\"ogliche Organisation von
+    Programmcode im Dateisystem.}{ F\"ur jedes Projekt werden
+    Unterordner f\"ur die einzelnen Analysen angelegt. Auf Ebene des
+    Projektes k\"onnte es ein Skript (hier ``analysis.m'') geben,
+    welches alle Analysen in den Unterordnern anst\"o{\ss}t.}
+\end{figure}
+
+
+\begin{ibox}[tp]{\label{matlabpathbox}Der \matlab{} Suchpfad}
+  Der Suchpfad definiert, wo \matlab{} nach Skripten und Funktionen
+  sucht. Wird eine Funktion aufgerufen wird zun\"achst im aktuellen
+  Arbeitsverzeichnis einem Treffer gesucht. Schl\"agt diese Suche
+  fehl, so arbeitet sich \matlab{} durch den \codeterm{Suchpfad}
+  (siehe Abbildung). Der \codeterm{Suchpfad} ist eine Liste von
+  Ordnern in denen \matlab{} nach Funktionen und Skripten suchen
+  soll. Die Suche nach der aufgerufenen Funktion wird dabei von oben
+  nach unten durchgef\"uhrt. Das heisst, dass es, bei
+  Namensgleichheit, eine Rolle spielen kann an welcher Stelle im
+  Suchpfad der erste Treffer gefunden wird. Wichtig: \matlab{} sucht
+  nicht rekursiv! Wenn die gew\"unschte Funktion in einem Unterordner
+  des aktuellen Arbeitsverzeichnisses liegt, dieses aber nicht
+  explizit im Suchpfad enthalten ist, so wird die Funktion nicht
+  gefunden werden.
+  
+  \includegraphics[width=0.75\textwidth]{search_path}
+
+  Man kann den Suchpfad sowohl \"uber die in der Abbildung gezeigte
+  GUI oder auch \"uber die Kommandozeile editieren. In der GUI hat man
+  die M\"oglichkeit Ordner aus dem Suchpfad zu entfernen, neue Ordner
+  (optional inklusive aller Unterordner) hinzuzuf\"ugen oder die
+  Reihenfolge zu ver\"andern.
+
+  Will man das aktuelle Arbeitsverzeichis wechseln benutzt man das
+  Kommando \code{cd}, um herauszufinden, in welchem Pfad eine
+  bestimmte Funktion gefunden wurde, benutzt man das Kommando
+  \code{which}. Der das aktuelle Areitsverzeichnis wird durch den
+  Aufruf \code{pwd} auf der Kommandozeile ausgegeben.
+\end{ibox}
+
+\section{Namensgebung von Funktionen und Skripten}
+
+\matlab{} sucht Funktionen und Skripte ausschlie{\ss}lich anhand des
+Namens. Dabei spielt die Gro{\ss}- und Kleinschreibung eine Rolle. Das
+hei{\ss}t, dass die beiden Dateien \file{test\_funktion.m} und
+\file{Test\_funktion.m} zwei unterschiedliche Funktionen benennen
+k\"onnen. Diese Art der Variation des Namens ist nat\"urlich nicht
+sinnvoll. Sie tr\"agt keine Information \"uber den Unterschied der
+beiden Funktionen. Auch sagt der Name nahezu nichts \"uber den Zweck
+der Funktion aus. 
+
+Die Namensgebung f\"allt mitunter nicht leicht --- manchmal ist es
+sogar der schwierigste Aspekt des Programmierens!  Ausdrucksstarke
+Namen zu finden lohnt sich aber. Ausdrucksstark bedeutet, dass sich
+aus dem Namen ein R\"uckschluss auf den Zweck ziehen lassen sollte.
+
+\begin{important}
+  Die Namen von Funktionen und Skripte sollten m\"oglichst viel \"uber
+  die Funktionsweise oder den Zweck aussagen (\file{firingrates.m}
+  statt \file{uebung.m}). Gute Namen f\"ur Funktionen und Skripte sind
+  die beste Dokumentation.
+\end{important}
+
+In Namen verbietet \matlab{} verbietet Leerzeichen, Sonderzeichen und
+Umlaute. Namen d\"urfen auch nicht mit Zahlen anfangen. Es mach f\"ur
+die Namensgebung selbst keine weiteren Vorgaben. Allerdings folgt die
+Benennung der in \matlab{} vordefinierten Funktionen gewissen Mustern:
+\begin{itemize}
+\item Namen werden immer klein geschrieben.
+\item Es werden gerne Abk\"urzungen eingesetzt (z.B. \code{xcorr}
+  f\"ur die Kreuzkorrelation oder \code{repmat} f\"ur ``repeat matrix'')
+\item Funktionen, die zwischen Formaten konvertieren sind immer nach
+  dem Muster ``format2format'' (z.B. \code{num2str} f\"ur die
+  Konvertierung ``number to string'', Umwandlung eines numerischen
+  Wertes in einen Text) benannt.
+\end{itemize}
+
+Andere \"ubliche Muster sind der \emph{camelCase}, bei dem die
+Anf\"ange zusammengesetzter Worte jeweils gro{\ss} geschrieben werden
+oder auch die Verwendung von Unterstrichen zur Trennung von
+Namenskomponenten. Eine Funktion, die die Anzahl von
+Aktionspotentialen bestimmt k\"onnte etwa \file{spikeCount.m} oder
+\file{spike\_count.m} benannt werden.
+
+
+\section{Namensgebung von Variablen und Konstanten}
+
+F\"ur die Bennennung von Variablen und Konstanten gelten die gleichen
+Regeln wie f\"ur die Namen von Funktionen und Skripten. Die Maxime von
+gutem Programmierstil ist: \emph{``Programmcode muss lesbar
+  sein.''}. Dabei helfen gute Namen ungemein. Auch wenn es schwer
+f\"allt passende und nicht zu lange Namen zu finden, sollte einer gute
+Namensgebung ernst genommen werden.
+
+W\"ahrend die Namen von Funktionen und Skripten ihren Zweck
+beschreiben, sollten die Namen von Variablen ihren Inhalt
+beschreiben. Eine Variable, die die mittlere Anzahl von
+Aktionspotentialen speichert, k\"onnte also
+\codeterm{average\_spike\_count} hei{\ss}en. Wenn die Variable nicht
+nur einen sondern mehrere Werte aufnimmt, dann ist der Plural
+angebracht (\codeterm{average\_spike\_counts}).
+
+Die Laufvariablen von \code{for}-Schleifen werden oft nur \code{i},
+\code{j} oder \code{k} benannt und sollten aber die einzige Ausnahme
+bzgl. ausdrucksstarker Namensgebung bleiben.
+
+\begin{important}
+  Die Namen von Variablen sollten m\"oglichst viel \"uber ihren Inhalt
+  aussagen (\code{spike\_count} statt \code{x}). Gute Namen
+  f\"ur Variablen sind die beste Dokumentation.
+\end{important}
+
+
+\section{Codestil}
+
+Die Lesbarkeit von Programmen wird sehr durch den Codestil
+beeinflusst. Ein Programm, in dem z.B. Schleifenk\"orper nicht (oder
+zuf\"allig) einger\"uckt sind ist deutlich schwerer zu lesen und zu
+verstehen, als eines, in dem eine konsistente Einr\"uckung vorgenommen
+wurde. Mit der Tastenkombination \keycode{Ctrl-I} (\keycode{Strg-I}
+auf der deutschen Tastatur) kann ein markierter Bereich im \matlab{}
+Editor automatisch richtig einger\"uckt werden.
+
+Sparsam und konsistent eingef\"ugte einzelne Leerzeilen sind
+hervorragend geeignet, um logische Abschnitte eines Programm zu
+trennen. Zu viele Leerzeilen haben den Nachteil, dass das Programm
+nicht mehr auf eine Seite passt und dadurch leichter der \"Uberblick
+verlorgen geht.
+
+Die beiden folgenden Listings \ref{chaoticcode} und \ref{cleancode}
+zeigen die Implementation des random-walk einmal eher chaotisch und
+einmal aufger\"aumt und \"ubersichtlich.
+ 
+\begin{lstlisting}[label=chaoticcode, caption={Un\"ubersichtliche Implementation des Random-walk.}]
+num_runs = 10;
+max_steps = 1000;
+
+positions = zeros(max_steps, num_runs);
+
+for run = 1:num_runs
+
+    
+for step = 2:max_steps
+
+x = randn(1);
+if x<0
+positions(step, run)= positions(step-1, run)+1;
+    
+       
+elseif x>0
+ positions(step,run)=positions(step-1,run)-1;
+ end
+end
+end
+\end{lstlisting}
+
+\clearpage
+
+\begin{lstlisting}[label=cleancode, caption={\"Ubersichtliche Implementation des Random-walk.}]
+num_runs = 10;
+max_steps = 1000;
+positions = zeros(max_steps, num_runs);
+
+for run = 1:num_runs
+    for step = 2:max_steps
+        x = randn(1);
+        if x < 0
+            positions(step, run) = positions(step-1, run) + 1;
+        elseif x > 0
+            positions(step, run) = positions(step-1, run) - 1;
+        end
+    end
+end
+\end{lstlisting}
+
+\section{Verwendung von Kommentaren}
+
+Kommentarzeilen werden in \matlab{} mit dem Prozentzeichen \cide{\%}
+gekennzeichnet.  Gezielt und sparsam eingesetzte Kommentare sind f\"ur
+das Verst\"andnis eines Programms sehr n\"utzlich.  Am wichtigsten
+sind kurze Kommentare, die den Zweck und das Ziel eines Abschnitts im
+Programm erl\"autern (z.B. \code{\% compute mean firing rate over all
+  trials}).
+
+Viele und h\"aufige Kommentare k\"onnen in der Entwicklungsphase eines
+Programms sehr hilfreich sein, bl\"ahen aber den Code auf. Durch die
+Verwendung guter Variablen- und Funktionsnamen sollten die meisten
+Zeilen sowieso weitestgehend selbsterkl\"arend sein.
+
+Die beste Dokumentation ist der Code selbst. Gut geschriebener Code
+mit ausdrucksstarken Variablen- und Funktionsnamen ben\"otigt keine
+Kommentare, um den Zweck einzelner Zeilen zu erkl\"aren. z.B. ist\\
+\code{ x = x + 2;   \% add two to x}\\
+ein v\"ollig unn\"otiger Kommentar.
+
+\begin{important}
+  \begin{itemize}
+  \item Kommentare sollen die Absicht eines Programmabschnitts beschreiben.
+  \item Kommentare sind gut und wichtig --- sie m\"ussen aber richtig
+    sein!
+  \item Ein falscher Kommentar ist schlimmer als gar kein Kommentar!
+  \item Kommentare m\"ussen gepflegt werden, sonst sind sie wertlos!
+  \end{itemize}
+\end{important}
+
+\section{Dokumentation von Funktionen}
+
+Bei allen vordefinierten \matlab{} Funktionen findet sich am Anfang
+eine Kommentarblock, der den Zweck der Funktion, die verschiedenen
+M\"oglichkeiten des Funktionsaufrufs und die Argumente und
+R\"uckgabewerte beschreibt. Auch in eingenen Funktionen sind diese
+Kommentare sehr hilfreich. Siehe Listing~\ref{localfunctions} f\"ur
+ein Beispiel einer gut Dokumentierten Funktion.
+
+\begin{important}
+  Funktionen m\"ussen unbedingt kommentiert werde!
+  \begin{itemize}
+  \item In wenigen Zeilen kurz den Zweck der Funktion beschreiben.
+  \item F\"ur jedes Funktionsargument die Bedeutung, der erwartete
+    Datentyp (Zahl, Vektor, Matrix, etc.), und eventuell die Einheit,
+    in der die Zahlen erwartet werden (z.B. Sekunden).
+  \item Ebenso m\"ussen die R\"uckgabewerte beschrieben werden.
+  \end{itemize}
+\end{important}
+
+
+\section{Auslagerung von Aufgaben in Funktionen}
+
+Kommentare oder Leerzeilen werden benutzt, um logische Abschnitte des
+Codes abzutrennen und kurz zu erkl\"aren. Wenn eine
+solche inhaltliche Trennung einzuf\"ugt wird, sollte man sich immer fragen,
+ob dieser Teil des Programms nicht in eine eigene Funktion ausgelagert
+werden sollte. Fast immer kann dies bejaht werden.
+
+Abschnitte nicht auszulagern f\"uhrt zu sehr langen
+\codeterm{m-Files}, die leicht un\"ubersichtlich werden. Diese Art von
+Code wird \codeterm{Spaghetticode} genannt. Es ist h\"ochste Zeit
+\"uber Auslagerung in Funktionen nachzudenken.
+
+\begin{important}
+  Wann sollten Programmteile in eigene Funktionen ausgelagert werden?
+  \begin{itemize}
+  \item Wenn innerhalb einer Funktion oder eines Skripts mehr als zwei
+    Einr\"uckungsebenen gebraucht werden.
+  \item Wenn sich Strukturen im Code mehr als einmal wiederholten.
+  \item Wenn man versucht ist, wiederholte Strukturen  mit Copy and Paste zu erzeugen.
+  \end{itemize}
+\end{important}
+
+\subsection{Lokale Funktionen und geschachtelte Funktionen}
+
+Das Auslagern von Funktionalit\"at in eigene Funktionen f\"uhrt
+dazu, dass eine F\"ulle von Dateien erzeugt wird, die die
+\"Ubersichtlichkeit nicht unbedingt erh\"oht. Wenn die auszulagernde
+Funktionalit\"at an vielen Stellen ben\"otigt wird ist es
+dennoch sinnvoll dies zu tun. Wenn nicht, dann bietet \matlab{} die
+M\"oglichkeit sogenannte \codeterm{lokale Funktionen} oder auch
+\codeterm{geschachtelte Funktionen} (\enterm{nested functions}) zu
+erstellen. Listing \ref{localfunctions} zeigt ein Beispiel f\"ur eine
+lokale Funktion.
+
+\lstinputlisting[label=localfunctions, caption={\codeterm{Lokale Funktionen} erh\"ohen die Lesbarkeit sind aber nur innerhalb der definierenden Datei verf\"ugbar.}]{calculate_sines.m}
+
+Lokale Funktionen existieren in der gleichen Datei und sind nur dort
+verf\"ugbar. Jede Funktion hat ihren eigenen G\"ultigkeitsbereich, das
+hei{\ss}t, dass Variablen aus den aufrufenden Funktionen nicht
+sichtbar sind. Bei sogenannten \codeterm{geschachtelten Funktionen}
+ist das anders. Diese werden innerhalb eines Funktionsk\"orpers
+(zwischen den Schl\"usselworten \codeterm{function} und dem
+\codeterm{end} definiert und k\"onnen auf alle Variablen der
+``Mutterfunktion'' zugreifen und diese auch ver\"andern. Folglich
+sollten sie nur mit Bedacht eingesetzt werden.
+
+
+\section{Besonderheiten bei Skripten}
+
+Ein \"ahnliches Problem wurde schon bei der Einf\"uhrung der Skripte
+erw\"ahnt. Variablen, die in Skripten definiert werden sind global im
+\codeterm{Workspace} verf\"ugbar. Es besteht die Gefahr von
+Namenskollisionen. Problem dabei ist, dass der Nutzer gar nicht
+mitbekommt, wenn eine Variable redefiniert oder neuen Inhalt
+zugewiesen bekommt. Fehler, die auf derartigen Kollisionen beruhen
+sind h\"aufig nur schwer zu finden, da das Programm f\"ur sich korrekt
+aussieht.
+
+\begin{important}
+  Es empfiehlt sich zu Beginn eines Skriptes alle Variablen im
+  \codeterm{Workspace} zu l\"oschen (\code{clear}). Meist ist auch
+  ein \code{close all}, um alle Figures zu schlie{\ss}en, angebracht.
+
+  Am Ende eines Skriptes sollte der \codeterm{Workspace} mithilfe von
+  \code{clear} wieder von all den Variablen ges\"aubert werden, die
+  nicht mehr ben\"otigt werden.
+\end{important}
+
+\section{Fazit}
+
+Programmcode soll lesbar sein. Namen von Variablen, Funktionen und
+Skripten sollten ausdrucksstark sein und R\"uckschl\"usse auf den
+Inhalt oder den Zweck erlauben. Einen pers\"onlichen Programmierstil
+zu entwickeln ist v\"ollig in Ordnung solange er konsistent ist. In
+machen Programmiersprachen gibt es Traditionen und \"Ubereink\"unfte,
+diese sollten dann beachtet werden. 
+
+Wiederholte Programmabschnitte sollten in Funktionen ausgelagert
+werden. Wenn diese nicht von globalem Interesse sind, kann mit
+\codeterm{lokalen} oder \codeterm{geschachtelten Funktionen} die
+\"Ubersichtlichkeit erh\"oht werden. 
+
+\noindent Es lohnt sich auf den eigenen Programmierstil zu achten!\footnote{Literatur zum Programmierstil: z.B. Robert C. Martin: \textit{Clean
+  Code: A Handbook of Agile Software Craftmanship}, Prentice Hall}

scientificcomputing-script.tex

@@ -27,6 +27,11 @@
 \lstset{inputpath=plotting/code/}
 \include{plotting/lecture/plotting}
 
+
+\graphicspath{{programmingstyle/lecture/}{programmingstyle/lecture/figures/}}
+\lstset{inputpath=programmingstyle/code/}
+\include{programmingstyle/lecture/programmingstyle}
+
 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
 \part{Grundlagen der Datenanalyse}