xaveros/jar_project
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xaver
2020-10-05 15:25:49 +02:00
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@@ -1,10 +1,19 @@
machen:
- phaseshift (sin_all) nochmal, nicht richtiges Dings verwendet ( sinv[2]/p) und dann auch in phaseshift
- abbildung erstellen mit custom cutoff frequencies über ganzen bereich (0.001Hz-1Hz) um hoffentlich zu zeigen dass dabei lineare
Gerade entsteht, vergleichen mit uniformen Bereich bei Daten bei dem es sich auch eher linear verhält um zu zeigen auf was wir hinaus wollen
- filter: zieht mean von einer amfreq periode ab wodurch alles was nicht damit in Verbindung steht herausfiltert,
auch JAR. problematisch wird dies eher wenn JAR-Anstieg schneller abläuft als eine amfreq periode
- wenn fit nicht funktioniert einfach weglassen, wenn sättigung vorhanden nochmal anschauen
+ figures:
apteronotus: fundament by tims bachelor thesis, important that apteronotus only shifts his frequency up (as eigenmannia doesnt --> natalies measurements)
+ spectogram
+ jar trace out of specgram
+ filtering of jar trace: mean noise cut --> subtracting jar response over whole stimulus
+ fit and jar trace --> gain and phaseshift
!!! + this for different am-frequencies and delta f (-15/-5Hz) --> compare gain for them
+ this for different am-frequencies and delta f (-15/-5Hz) --> compare gain for them
+ gain curve for one or more single fish
+ fit of gain curve for cutoff frequency and tau
+ gain curve for all fish taken together
@@ -15,37 +24,30 @@
fig_apt_gaincurve_cutoff_tau,
sin_all_normal (without single gaincurves),
sin_all_uniform (with gaincurves for 5Hz)
!!! discard 2019lepto03 -5Hz --> RMS always over threshold
!!! discard 2020lepto04 gain fit doesnt work
!!! discard 2020lepto19 gain fit doesnt work
eigenmannia:
+ deltaf / response: -2Hz different, show it
+ spectogram
+ direct to fit and jar trace --> gain and phaseshift DURCH SIN RESPONSE SPEC JAGEN!
+ direct to fit and jar trace
+ gain curve for one or more single fish
+ gain curve for all fish taken together
+ gain curve for all fish taken together !!! gains without filtering by RMS
- (step response eigen)
--> fig_eig_specgram
fig_eig_jar_filter_fit,
fig_eig_rms_gaincurve,
fig_eig_gaincurve_cutoff_tau,
sin_eig_normal (without single gaincurves),
sin_eig_uniform (with gaincurves for 5Hz)
!!! discard 2015eigen8 --> RMS always over threshold
??? mean_noise_cut_eigen?
fish properties:
+ parameters
+ cutoff frequency - dominance score
+ eigenmannia deltaf response over all fish mean
+ phaseshift_all: wenn negativer gain in fit --> +pi rechnen, dann modulo
- plot_eigenmannia_jar(compare res_df_%s / res_df_%s_new)
- eigenmannia_jar:
- specgram auch zeigen, vorallem was auch die ausreißer bei -2 Hz betreffen
- fish_properties:
- hauptsächlich auf f_c und tau konzentrieren, vor allem auch beides auftragen, gewicht/größe noch nehmen
- step_response eigen: absolute response
- Q10 Wert aus Formel von Jan auf base_frequenz rechnen (adjust-eodf in jar_functions)
- sin_all_uniform - sin_all_normal (also 5Hz, let away 0.001Hz?, gain_fit): fit als spur reinlegen damit klar wird aus was gerade besteht
long term:
- extra datei mit script drin um fertige daten darzustellen, den fit-code nur zur datenverarbeitung verwenden
- darstellung: specgram --> rausgezogene jarspur darüber --> filterung --> fit und daten zusammen dargestellt, das ganze für verschiedene frequenzen
- unterschiedliche nffts auf anderem rechner laufen lassen evtl um unterschiede zu sehen
- phase in degree: phase % (2pi) - modulo 2pi
offen: phaseshift, not working fit for some fish
(
- mit zu hohem RMS rauskicken: evtl nur ein trace rauskicken wenn nur da RMS zu hoch
- 2019lepto27/30: 27 - 0.05Hz (7-27-af, erste dat mit len(dat)=1), 30 - 0.001Hz (7-30-ah mit 0.005 anstatt gewollten 0.001Hz --> fehlt)
)