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scientificComputing/spike_trains/exercises/psth.tex
2015-10-27 23:24:04 +01:00

78 lines
3.0 KiB
TeX

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%%%%% text size %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
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\pagestyle{headandfoot} \header{{\bfseries\large \"Ubung
}}{{\bfseries\large Peri Stimulus Time Histogram}}{{\bfseries\large 28. Oktober, 2015}}
\firstpagefooter{Dr. Jan Grewe}{Phone: 29 74588}{Email:
jan.grewe@uni-tuebingen.de} \runningfooter{}{\thepage}{}
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\newcommand{\code}[1]{\texttt{#1}}
\renewcommand{\solutiontitle}{\noindent\textbf{L\"osung:}\par\noindent}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}
\vspace*{-6.5ex}
\begin{center}
\textbf{\Large Einf\"uhrung in die wissenschaftliche Datenverarbeitung}\\[1ex]
{\large Jan Grewe, Jan Benda}\\[-3ex]
Abteilung Neuroethologie \hfill --- \hfill Institut f\"ur Neurobiologie \hfill --- \hfill \includegraphics[width=0.28\textwidth]{UT_WBMW_Black_RGB} \\
\end{center}
\begin{questions}
\question Graphische Darstellung der zeitabh\"angigen Antwort eines
Neurons. PSTH auf Basis der instantanen Feuerrate. Verwendet den Datensatz \code{}
\begin{parts}
\part Schreibt eine Funktion, die einen Vektor mit Spikezeiten,
die Dauer des Trials, und die zeitliche Aufl\"osung entgegennimmt
und die Zeitachse sowie die Feuerrate zur\"uckgiebt.
\part Benutzt diese Funktion in einem Skript und stellt das PSTH
eines einzelnen Trials sowie den Mittelwert \"uber alle Trials
dar.
\part Erweitert das Programm so, dass die Abbildung den Standards
z.B. vom \textit{Journal of Neuroscience} entspricht
(Schriftgr\"o{\ss}e, Abbildungsgr\"o{\ss}e).
\part Die Abbildung sollte als pdf gespeichert werden.
\end{parts}
\question Wie zuvor nur unter Verwendung der Binning Methode.
\question Wie zuvor nur unter Verwendung der Faltungsmethode.
\question Entscheidet euch f\"ur eine Varainte und erweitert das
entsprechende Skript, sodass auch die Interspikeintervallverteilung
und die Verteilung der Spikecounts dargestellt werden. Die
Abbildungen sollten nat\"urlich ``publikationsreif'' sein und
gespeichert werden.
\question Einige trials sind anders als die \"Ubrigen. Benutzt den
Rasterplot um sie zu finden. Speichert alle Abbildungen in
``publikationsreifer'' Form.
\begin{parts}
\part Benutzt den Rasterplot um sie zu finden.
\part Plottet die Verteilung der Spike counts.
\part Filtert all die trials heraus, deren spike count mehr als
$2\sigma$ vom Mittelwert abweicht.
\part Plottet das PSTH vor und nach dem Filtern.
\end{parts}
\end{questions}
\end{document}