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scientificComputing/spike_trains/exercises/psth.tex

79 lines
3.2 KiB
TeX

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%%%%% text size %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
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\pagestyle{headandfoot} \header{{\bfseries\large \"Ubung
}}{{\bfseries\large Zeitab\"angige Feuerrate}}{{\bfseries\large 13. Dezember, 2016}}
\firstpagefooter{Dr. Jan Grewe}{Phone: 29 74588}{Email:
jan.grewe@uni-tuebingen.de} \runningfooter{}{\thepage}{}
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\newcommand{\code}[1]{\texttt{#1}}
\renewcommand{\solutiontitle}{\noindent\textbf{L\"osung:}\par\noindent}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}
\vspace*{-6.5ex}
\begin{center}
\textbf{\Large Einf\"uhrung in die wissenschaftliche Datenverarbeitung}\\[1ex]
{\large Jan Grewe, Jan Benda}\\[-3ex]
Abteilung Neuroethologie \hfill --- \hfill Institut f\"ur Neurobiologie \hfill --- \hfill \includegraphics[width=0.28\textwidth]{UT_WBMW_Black_RGB} \\
\end{center}
\begin{questions}
\question Stellt die zeitabh\"angige Feuerrate eines Neurons
dar. Diese soll auf Basis der instantanen Feuerrate (des
Interspikeintervals) berechnet werden. Verwendet den Datensatz
\code{lifoustim.mat}. Dieser enth\"at drei Variablen: 1. die
Spikezeiten, 2. den Stimulus und 3. die zeitliche Aufl\"osung. Die
Dauer eines Trials betr\"agt 30 Sekunden.
\begin{parts}
\part Schreibt eine Funktion, die einen Vektor mit Spikezeiten,
die Dauer des Trials, und die zeitliche Aufl\"osung entgegennimmt
und die Zeitachse sowie die Feuerrate zur\"uckgibt.
\part Benutzt diese Funktion in einem Skript und stellt die Feuerrate
eines einzelnen Trials sowie den Mittelwert \"uber alle Trials
dar.
\part Erweitert das Programm so, dass die Abbildung den Richtlinien
des \textit{Journal of Neuroscience} entspricht
(Schriftgr\"o{\ss}e, Abbildungsgr\"o{\ss}e).
\part Die Abbildung sollte als pdf gespeichert werden.
\end{parts}
\question Wie zuvor nur unter Verwendung der Binning Methode.
\question Wie zuvor nur unter Verwendung der Faltungsmethode.
\question Entscheidet euch f\"ur eine Varainte und erweitert das
entsprechende Skript, sodass auch die Interspikeintervallverteilung
und die Verteilung der Spikecounts dargestellt werden. Die
entsprechenden Abbildungen sollten als pdf gespeichert werden.
\question Einige Trials sind anders als die \"Ubrigen. Benutzt den
Rasterplot um sie zu finden. Speichert die generierten Abbildungen.
\begin{parts}
\part Benutzt den Rasterplot um sie zu finden.
\part Plottet die Verteilung der Spike counts.
\part Filtert all die Trials heraus, deren Spikecount mehr als
$2\sigma$ vom Mittelwert abweicht.
\part Plottet die Feuerrate vor und nach dem Filtern.
\end{parts}
\end{questions}
\end{document}