scientificComputing/programming/lectures/plotting_spike_trains.tex

\documentclass{beamer}
\usepackage{xcolor}
\usepackage{listings}
\usepackage{pgf}
%\usepackage{pgf,pgfarrows,pgfnodes,pgfautomata,pgfheaps,pgfshade} 
%\usepackage{multimedia}

\usepackage[english]{babel}
\usepackage{movie15}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{times}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{bm} 
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[scaled=.90]{helvet}
\usepackage{scalefnt}
\usepackage{tikz}
\usepackage{ textcomp }
\usepackage{soul}
\usepackage{hyperref}
\definecolor{lightblue}{rgb}{.7,.7,1.}
\definecolor{mygreen}{rgb}{0,1.,0}

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\mode<presentation>
{
  \usetheme{Singapore}
  \setbeamercovered{opaque}
  \usecolortheme{tuebingen}
  \setbeamertemplate{navigation symbols}{}
  \usefonttheme{default}
  \useoutertheme{infolines}
  % \useoutertheme{miniframes}
}

\AtBeginSection[]
{
  \begin{frame}<beamer>
    \begin{center}
      \Huge \insertsectionhead
    \end{center}
    % \frametitle{\insertsectionhead}
    % \tableofcontents[currentsection,hideothersubsections]
  \end{frame}
}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%5

\setbeamertemplate{blocks}[rounded][shadow=true]

\title[]{Scientific Computing -- Grundlagen der Programmierung }
\author[]{Jan Grewe\\Abteilung f\"ur Neuroethologie\\
  Universit\"at T\"ubingen}

\institute[Wissenschaftliche Datenverarbeitung]{}
 \date{03.10.2014 - 07.11.2014}
 %\logo{\pgfuseimage{../../resources/UT_BM_Rot_RGB.pdf}}

\subject{Einf\"uhrung in wissenschaftliche Datenverarbeitung}
\vspace{1em}
\titlegraphic{
  \includegraphics[width=0.5\linewidth]{../../resources/UT_WBMW_Rot_RGB}
}
%%%%%%%%%% configuration for code
\lstset{
 basicstyle=\ttfamily,
 numbers=left,
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 language=Matlab,
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 keywordstyle=\color{blue},
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 }
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\newcommand{\mycite}[1]{
\begin{flushright}
\tiny \color{black!80} #1
\end{flushright}
}

\input{../../latex/environments.tex}
\makeatother
 
\begin{document} 

\begin{frame}[plain]
  \frametitle{}
  \vspace{-1cm}
  \titlepage % erzeugt Titelseite
\end{frame}

\begin{frame}[plain]
  \frametitle{Rekapitulation}
  \begin{enumerate}
  \item Was ist ein Programm\pause
  \item Skripte\pause
  \item Funktionen\pause
  \item Vom Problem zum Algorithmus
  \end{enumerate}
\end{frame}


\begin{frame}
  \frametitle{Grundlagen der Programmierung}
  \frametitle{Tagesmen\"u}
  \begin{enumerate}
  \item Graphische Darstellung von Daten I
  \item Spiketrain Analyse I
  \item Fortgeschrittene Datenstrukturen I
  \item Navigieren im Dateisystem
  \item \"Ubungen, \"Ubungen, \"Ubungen. 
  \end{enumerate}
\end{frame}

\begin{frame}[plain]
\huge{1. Graphische Darstellung von Daten}
\end{frame}

\begin{frame}[fragile]
  \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
  \framesubtitle{Plotting Interface}
  Es gibt zwei Wege Graphen zu bearbeiten:
  \begin{enumerate}
  \item Klickibunti \"uber das \textit{graphische User Interface}\pause
  \item Die Kommandozeile bzw. in Skripten und Funktionen.\pause
  \end{enumerate}
  Beides hat seine Berechtigung und seine eigenen Vor- und Nachteile. Welche?
\end{frame}

\begin{frame} [fragile]
 \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
 \framesubtitle{Welche Art Plot wof\"ur?}
 \url{http://www.mathworks.de/discovery/gallery.html}
\end{frame}

\begin{frame} [fragile]
 \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
 \framesubtitle{Was macht einen guten Plot aus?}
     \begin{figure}
      \centering
      \includegraphics[width=0.9\columnwidth]{./images/convincing}
    \end{figure}
\end{frame}

\begin{frame} [fragile]
 \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
 \framesubtitle{Was macht einen guten Plot aus?}
 TODO !!!
\end{frame}


\begin{frame} [fragile]
 \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
 \framesubtitle{\"Ubung}
 \begin{enumerate}
 \item Nehmt euch einen beliebigen Datenplot vor und macht ihn \textbf{sch\"on}.
 \item Die Abbildung soll f\"ur eine einspaltige Abbildung im
   \textit{Journal of Neuroscience} geeignet sein
   (\url{http://www.jneurosci.org/site/misc/ifa_illustrations.xhtml}).
 \item Erzeugt/ver\"andert/erweitert das Programm zum plotten so, dass
   die Abbildung automatisch erstellt und gespeichert wird.
 \item Speichert die Abbildung als pdf.
 \item Wer den sch\"onsten Plot macht, dem winkt ein Preis :-)
 \end{enumerate}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Spiketrain Analyse I}
  \framesubtitle{Rasterplot}
  \begin{figure}
    \centering
    \includegraphics[width=0.375\columnwidth]{images/rasterplot}
  \end{figure}
  Wof\"ur eignet sich ein solcher Rasterplot (auch \textit{dotdisplay} genannt)?
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Spiketrain Analyse I}
  \framesubtitle{Rasterplot}
  \"Ubung:
  \begin{enumerate}
    \item Ladet die Datei: spike\_times.mat aus dem Ilias Ordner
    \item Schaut euch den Inhalt und skizziert wie das Problem gel\"ost werden k\"onnte.
    \item Erzeugt einen Rasterplot.
    \item Der sch\"onste wird pr\"amiert.
  \end{enumerate}
\end{frame}


\begin{frame}
  \frametitle{Spiketrain Analyse I}
  \framesubtitle{PSTH}
  \textbf{P}eri- \textbf{S}timulus - \textbf{T}ime - \textbf{H}istogram
  \begin{figure}
    \centering
    \includegraphics[width=0.75\columnwidth]{images/psth}
  \end{figure}
\end{frame}



\end{document}