teaching/scientificComputing
Archived
3
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Releases Wiki Activity

figure for psth method comparsion, some introductory words for spiketrain chapter

Browse Source
This commit is contained in:
Jan Grewe 2015-10-27 23:34:15 +01:00
parent b17fafdc73
commit eef177f7ee
2 changed files with 15 additions and 4 deletions
Show Stats Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

2
spike_trains/code/firing_rates.py
View File

@ -193,7 +193,7 @@ def plot_conv_rate(spike_times, sigma=0.05, max_t=30, dt=1e-4):
def plot_comparison(spike_times, bin_width, sigma, max_t=30., dt=1e-4): def plot_comparison(spike_times, bin_width, sigma, max_t=30., dt=1e-4):
times = np.squeeze(spike_times[0][0]) times = np.squeeze(spike_times[0][0])
time, conv_rate = get_convolved_rate(times, sigma) time, conv_rate = get_convolved_rate(times, bin_width/np.sqrt(12.))
time, inst_rate = get_instantaneous_rate(times) time, inst_rate = get_instantaneous_rate(times)
time, binn_rate = get_binned_rate(times, bin_width) time, binn_rate = get_binned_rate(times, bin_width)

17
spike_trains/lecture/psth_sta.tex
View File

@ -27,10 +27,21 @@ ist das sog. Peri Stimulus Zeithistogramm (peri stimulus time
histogram, PSTH). Es wird der zeitliche Verlauf der Feuerrate $r(t)$ histogram, PSTH). Es wird der zeitliche Verlauf der Feuerrate $r(t)$
dargestellt. Die Einheit der Feuerrate ist Hertz, das heisst, die dargestellt. Die Einheit der Feuerrate ist Hertz, das heisst, die
Anzahl Aktionspotentiale pro Sekunde. Dabei gibt es verschiedene Anzahl Aktionspotentiale pro Sekunde. Dabei gibt es verschiedene
Methoden diese zu bestimmen. Jede dieser Methoden hat ihre Vor- und Methoden diese zu bestimmen. Drei solcher Methoden sind in Abbildung
Nachteile. Abbildung \ref{psthfig} zeigt drei dieser Methoden. \ref{psthfig} dargestellt.
\begin{figure} \begin{figure}
\includegraphics[width=0.75\columnwidth]{images/psth_comparison} \includegraphics[width=\columnwidth]{images/psth_comparison}
\caption{}\label{psthfig} \caption{}\label{psthfig}
\end{figure} \end{figure}
\section{Spike triggered Average}
Der Spike triggered average (STA) ist der mittlere Stimulus, der zu
einem Aktionspotential in der neuronalen Antwort f\"uhrt.
\begin{equation}
STA(\tau) = \frac{1}{\langle n \rangle} \left\langle \displaystyle\sum_{i=1}^{n}{s(t_i - \tau)} \right\rangle
\end{equation}