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plotting/code/automatic_plot.m

@@ -1,15 +1,11 @@
-clear all
-close all
-
 load('pyramidal_response.mat')
 threshold = 20; % mV
 
-figure()
 hold on
-plot(time*1000.0, neuronal_data, 'color', [0.2 0.5 0.7], 'linewidth', 1., ...
-    'displayname', 'Membrane voltage')
-plot(spikes*1000.0, ones(size(spikes)) .* threshold, 'r.', 'markersize', 15, ...
-    'displayname', 'Spike times')
+plot(time*1000.0, neuronal_data, 'color', [0.2 0.5 0.7], ...
+    'linewidth', 1., 'displayname', 'Membrane voltage')
+plot(spikes*1000.0, ones(size(spikes)) .* threshold, 'r.', ...
+    'markersize', 15, 'displayname', 'Spike times')
 line([time(1) time(end)], [threshold threshold], 'linestyle', '--', ...
     'linewidth', 0.75, 'color', [0.5 0.5 0.5], 'displayname', 'Threshold')
 
@@ -24,7 +20,7 @@ set(l,'location','northeast', 'fontsize', 11, 'linewidth', 1.);
 set(gca, 'xminortick','on','yminortick','on')
 set(gca, 'tickdir','out', 'linewidth', 1.5, 'fontname', 'times', ...
     'fontsize', 11)
-set(gcf, 'paperunits', 'centimeters', 'papersize', [15 7.5]);
-set(gcf, 'paperposition',[0.0 0.0 15, 7.5], 'color', 'white')
+set(gcf, 'paperunits', 'centimeters', 'papersize', [15 7]);
+set(gcf, 'paperposition',[0.0 0.0 15, 7], 'color', 'white')
 
-saveas(gcf, [pwd '/../lecture/images/spike_detection.pdf'], 'pdf')
+saveas(gcf, 'spike_detection.pdf', 'pdf')

plotting/lecture/plotting.tex

@@ -149,6 +149,23 @@ hinzuzuf\"ugen: (i) das Graphische User Interface oder (ii) die
 Kommandozeile. Beide haben ihre Berechtigung sowie Vor- und
 Nachteile. 
 
+\begin{figure}
+  \begin{minipage}[t]{0.6\textwidth}
+    \includegraphics[height=0.29\textheight]{plot_editor}
+  \end{minipage}
+  \begin{minipage}[t]{0.3\textwidth}
+    \includegraphics[height=0.29\textheight]{property_editor}
+  \end{minipage}
+  \titlecaption{Der \matlab{} Plot-Editor.}{\"Uber das Menu
+    ``Tools $\rightarrow$ Edit Plot'' erreicht man den Plot Editor. Je nachdem
+    welches Element des Plots ausgew\"ahlt wurde, ver\"andern sich
+    die Einstellungsm\"oglichkeiten. Weitere Eigenschaften und
+    Einstellungen k\"onnen \"uber den ``Property Editor'', rechts,
+    eingesehen und ver\"andert werden. Der ``Property Editor'' ist
+    \"uber die Schaltfl\"ache ``More Properties''
+    erreichbar.}\label{ploteditorfig}
+\end{figure}
+
 W\"ahrend es bequem ist, die Abbildung mit der GUI
 (\figref{ploteditorfig}) zu bearbeiten sind die erhaltenen Ergebnisse
 nicht einfach reproduzierbar oder \"ubertragbar. Wenn eine Abbildung
@@ -170,23 +187,6 @@ Jedes dieser Elemente bietet eine Vielzahl von
 Einstellungsm\"oglichkeiten. Wie schon erw\"ahnt, k\"onnen diese
 \"uber die GUI (Abbildung \ref{ploteditorfig}) bearbeitet werden.
 
-\begin{figure}
-  \begin{minipage}[t]{0.6\columnwidth}
-    \includegraphics[width=0.9\textwidth]{plot_editor}
-  \end{minipage}
-  \begin{minipage}[t]{0.3\columnwidth}
-    \includegraphics[width=0.9\textwidth]{property_editor}
-  \end{minipage}
-  \titlecaption{Der \matlab{} Plot-Editor.}{\"Uber das Menu
-    ``Tools $\rightarrow$ Edit Plot'' erreicht man den Plot Editor. Je nachdem
-    welches Element des Plots ausgew\"ahlt wurde, ver\"andern sich
-    die Einstellungsm\"oglichkeiten. Weitere Eigenschaften und
-    Einstellungen k\"onnen \"uber den ``Property Editor'', rechts,
-    eingesehen und ver\"andert werden. Der ``Property Editor'' ist
-    \"uber die Schaltfl\"ache ``More Properties''
-    erreichbar.}\label{ploteditorfig}
-\end{figure}
-
 Alle Einstellungen, die \"uber das graphische Interface vorgenommen
 werden k\"onnen, sind auch \"uber Befehle auf der Kommandozeile
 m\"oglich. Auf diese Weise k\"onnen Einstellungen problemlos in ein
@@ -376,20 +376,6 @@ erstes Argument wieder ein Handle auf die Figure erwartet. Das zweite
 Argument ist der Dateiname, und zuletzt muss das gew\"unschte Format
 (Box \ref{graphicsformatbox}) angegeben werden.
 
-\lstinputlisting[caption={Skript zur Erstellung des Plots in \figref{spikedetectionfig}.}, label=niceplotlisting]{automatic_plot.m}
-
-\begin{figure}[t]
-  \includegraphics{spike_detection}
-  \titlecaption{Automatisch erstellter Plot.}{Dieser Plot wurde vollst\"andig
-    mit dem Skript in Listing \ref{niceplotlisting} erstellt und
-    gespeichert.}\label{spikedetectionfig}
-\end{figure}
-
-Neben den Standard-Linienplots gibt es eine ganze Reihe weiterer
-M\"oglichkeiten Daten zu Visualisieren. Mathworks zeigt auf seiner
-Homepage viele Beispiele mit zugeh\"origem Code
-\url{http://www.mathworks.de/discovery/gallery.html}.
-
 \begin{ibox}[t]{\label{graphicsformatbox}Dateiformate f\"ur Abbildungen.}
   Es gibt zwei grunds\"atzlich verschiedene Arten von Dateiformaten f\"ur
   Graphiken:
@@ -440,6 +426,20 @@ Homepage viele Beispiele mit zugeh\"origem Code
   Rastergraphik allerdings deutlich schneller und speichereffizienter.
 \end{ibox}
 
+\begin{figure}[t]
+  \includegraphics{spike_detection}
+  \titlecaption{Automatisch erstellter Plot.}{Dieser Plot wurde vollst\"andig
+    mit dem Skript in Listing \ref{niceplotlisting} erstellt und
+    gespeichert.}\label{spikedetectionfig}
+\end{figure}
+
+\lstinputlisting[caption={Skript zur Erstellung des Plots in \figref{spikedetectionfig}.}, label=niceplotlisting]{automatic_plot.m}
+
+Neben den Standard-Linienplots gibt es eine ganze Reihe weiterer
+M\"oglichkeiten Daten zu Visualisieren. Mathworks zeigt auf seiner
+Homepage viele Beispiele mit zugeh\"origem Code
+\url{http://www.mathworks.de/discovery/gallery.html}.
+
 
 \section{Fazit}