move plotting stuff to own folder

programming/code/simplerandomwalk.m

@@ -0,0 +1,26 @@
+num_runs = 10;
+max_steps = 1000;
+
+positions = zeros(max_steps, num_runs);
+
+for run = 1:num_runs
+    for step = 2:max_steps
+        x = randn(1);
+        if x < 0
+            positions(step, run) = positions(step-1, run) + 1;
+        elseif x > 0
+            positions(step, run) = positions(step-1, run) - 1;
+        end
+    end
+end
+
+figure()
+hold on
+for run = 1:num_runs
+    plot(1:max_steps, positions(:, run))
+end
+xlabel('Number of steps')
+ylabel('Position')
+box off
+
+

programming/lectures/logicalIndexingTime.py

@@ -0,0 +1,29 @@
+import matplotlib.pyplot as plt
+import numpy as np
+from IPython import embed
+time = np.arange(0.,10., 0.001)
+x = np.random.randn(len(time))
+selection = x[(time > 5.) & (time < 6.)]
+
+fig = plt.figure()
+fig.set_facecolor("white")
+fig.set_size_inches(5.5, 2.5)
+
+ax = fig.add_subplot(111)
+ax.plot(time, x, label="data", lw=.5)
+ax.plot(time[(time > 5.) & (time < 6.)], selection, color='r', lw=0.5, label="selection")
+ax.spines["right"].set_visible(False)
+ax.spines["top"].set_visible(False)
+ax.yaxis.set_ticks_position('left')
+ax.xaxis.set_ticks_position('bottom')
+ax.xaxis.linewidth=1.5
+ax.yaxis.linewidth=1.5
+ax.tick_params(direction="out", width=1.25)
+ax.tick_params(direction="out", width=1.25)
+ax.set_xlabel("time [s]")
+ax.set_ylabel("intensity")
+ax.legend(fontsize=8)
+fig.tight_layout()
+fig.savefig("images/logicalIndexingTime.pdf")
+
+

programming/lectures/plotting-slides.tex

@@ -1,358 +0,0 @@
-\documentclass{beamer}
-\usepackage{xcolor}
-\usepackage{listings}
-\usepackage{pgf}
-%\usepackage{pgf,pgfarrows,pgfnodes,pgfautomata,pgfheaps,pgfshade} 
-%\usepackage{multimedia}
-
-\usepackage[english]{babel}
-\usepackage{movie15}
-\usepackage[latin1]{inputenc}
-\usepackage{times}
-\usepackage{amsmath}
-\usepackage{bm} 
-\usepackage[T1]{fontenc}
-\usepackage[scaled=.90]{helvet}
-\usepackage{scalefnt}
-\usepackage{tikz}
-\usepackage{ textcomp }
-\usepackage{soul}
-\usepackage{hyperref}
-\definecolor{lightblue}{rgb}{.7,.7,1.}
-\definecolor{mygreen}{rgb}{0,1.,0}
-
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
-\mode<presentation>
-{
-  \usetheme{Singapore}
-  \setbeamercovered{opaque}
-  \usecolortheme{tuebingen}
-  \setbeamertemplate{navigation symbols}{}
-  \usefonttheme{default}
-  \useoutertheme{infolines}
-  % \useoutertheme{miniframes}
-}
-
-\AtBeginSection[]
-{
-  \begin{frame}<beamer>
-    \begin{center}
-      \Huge \insertsectionhead
-    \end{center}
-    % \frametitle{\insertsectionhead}
-    % \tableofcontents[currentsection,hideothersubsections]
-  \end{frame}
-}
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%5
-
-\setbeamertemplate{blocks}[rounded][shadow=true]
-
-\title[]{Scientific Computing -- Grundlagen der Programmierung }
-\author[]{Jan Grewe\\Abteilung f\"ur Neuroethologie\\
-  Universit\"at T\"ubingen}
-
-\institute[Wissenschaftliche Datenverarbeitung]{}
- \date{12.10.2015 - 06.11.2015}
- %\logo{\pgfuseimage{../../resources/UT_BM_Rot_RGB.pdf}}
-
-\subject{Einf\"uhrung in die wissenschaftliche Datenverarbeitung}
-\vspace{1em}
-\titlegraphic{
-  \includegraphics[width=0.5\linewidth]{../../resources/UT_WBMW_Rot_RGB}
-}
-%%%%%%%%%% configuration for code
-\lstset{
- basicstyle=\ttfamily,
- numbers=left,
- showstringspaces=false,
- language=Matlab,
- commentstyle=\itshape\color{darkgray},
- keywordstyle=\color{blue},
- stringstyle=\color{green},
- backgroundcolor=\color{blue!10},
- breaklines=true,
- breakautoindent=true,
- columns=flexible,
- frame=single,
- captionpos=b,
- xleftmargin=1em,
- xrightmargin=1em,
- aboveskip=10pt
- }
-%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
-\newcommand{\mycite}[1]{
-\begin{flushright}
-\tiny \color{black!80} #1
-\end{flushright}
-}
-
-\newcommand{\code}[1]{\texttt{#1}}
-
-\input{../../latex/environments.tex}
-\makeatother
- 
-\begin{document} 
-
-\begin{frame}[plain]
-  \frametitle{}
-  \vspace{-1cm}
-  \titlepage % erzeugt Titelseite
-\end{frame}
-
-\begin{frame}
-  \frametitle{Grundlagen der Programmierung}
-  \frametitle{Inhalt}
-  \begin{enumerate}
-  \item Graphische Darstellung von Daten
-  \end{enumerate}
-\end{frame}
-
-
-\begin{frame}[plain]
-  \huge{1. Graphische Darstellung von Daten}\pause
-  \begin{figure}
-    \includegraphics[width=0.9\columnwidth]{images/convincing}
-  \end{figure}
-\end{frame}
-
-\begin{frame}
-  \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
-  \framesubtitle{Was soll ein Datenplot erreichen?}
-
-  \begin{itemize}
-  \item Ist eine m\"oglichst neutrale Darstellung der Daten.
-  \item Soll dem Leser die Daten greifbar machen und die Aussagen der
-    Analyse darstellen.
-  \item Erlaubt dem Leser die gezeigten Effekte selbst zu beguachten
-    und zu validieren.
-  \item Muss vollst\"andig annotiert sein.
-  \item Folgt dem Prinzip der \textbf{ink minimization}. (Das
-    Verh\"altnis aus Tinte, die f\"ur die Darstellung der Daten
-    gebraucht wird und der Menge Tinte, die f\"ur die Graphik
-    ben\"otigt wird sollte m\"oglichst gro{\ss} sein )
-  \end{itemize}
-\end{frame}
-
-\begin{frame}
-  \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
-  \framesubtitle{Was sollte vermieden werden?}
-  
-  \begin{itemize}
-  \item Suggestive oder gar fehlleitende Darstellung.
-  \item Ablenkung durch unruhige oder \"uberm\"a{\ss}ige Effekte.
-  \item Comicartige Effekte...
-  \end{itemize}\pause
-  \begin{figure}
-    \includegraphics[width=0.35\columnwidth]{images/one_d_problem_c}
-  \end{figure}\pause
-  ... aus{\ss}er sie werden rein zur Illustration benutzt ohne einen
-  Anspruch auf Richtigkeit zu erheben.
-\end{frame}
-
-\begin{frame}
-  \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
-  \framesubtitle{Suboptimale Beispiele}
-  \only <1> {
-    \begin{figure}
-      \includegraphics[width=0.5\columnwidth]{images/nobelbad}
-    \end{figure}
-    \vspace{0.25cm}
-    Aus Hafting et al., Nature, 2005
-  }
-  \only <2> {
-    \begin{figure}
-      \includegraphics[width=0.7\columnwidth]{images/misleading_pie}
-    \end{figure}
-    \vspace{0.5cm}
-    \url{https://en.wikipedia.org/wiki/Misleading_graph}
-  }
-  \only <3> {
-    \begin{figure}
-      \includegraphics[width=0.7\columnwidth]{images/sample_pie}
-    \end{figure}
-    \vspace{0.5cm}
-    \url{https://en.wikipedia.org/wiki/Misleading_graph}
-  }
-  \only <4> {
-    \begin{figure}
-      \includegraphics[width=0.3\columnwidth]{images/badbarright}
-    \end{figure}
-    \vspace{0.5cm}
-    \url{https://en.wikipedia.org/wiki/Misleading_graph}
-  }
-  \only <5> {
-    \begin{figure}
-      \includegraphics[width=0.3\columnwidth]{images/badbarleft}
-    \end{figure}
-    \vspace{0.5cm}
-    \url{https://en.wikipedia.org/wiki/Misleading_graph}
-  }
-  \only <6> {
-    \begin{figure}
-      \includegraphics[width=0.8\columnwidth]{images/badbarplot}
-    \end{figure}
-    \vspace{0.5cm}
-    \url{https://en.wikipedia.org/wiki/Misleading_graph}
-  }
-  \only <7> {
-    Wahl der Zeichenfl\"ache kann den visuellen Eindruck beeinflu{\ss}en.
-    \begin{columns}
-      \begin{column}{4.cm}
-        \begin{figure}
-          \includegraphics[width=0.7\columnwidth]{images/line_graph1}
-        \end{figure}
-      \end{column}
-
-      \begin{column}{4.cm}
-        \begin{figure}
-          \includegraphics[width=0.7\columnwidth]{images/line_graph1_3}
-        \end{figure}
-      \end{column}
-
-      \begin{column}{4.cm}
-        \begin{figure}
-          \includegraphics[width=0.7\columnwidth]{images/line_graph1_4}
-        \end{figure}
-      \end{column}
-    \end{columns}
-    \vspace{0.5cm}
-    \url{https://en.wikipedia.org/wiki/Misleading_graph}
-  }
-    \only <8> {
-     Vorsicht bei der Skalierung von Symbolen!
-    \begin{columns}
-      \begin{column}{4.cm}
-        \begin{figure}
-          \includegraphics[width=0.7\columnwidth]{images/improperly_scaled_graph}
-        \end{figure}
-      \end{column}
-
-      \begin{column}{4.cm}
-        \begin{figure}
-          \includegraphics[width=0.7\columnwidth]{images/properly_scaled_graph}
-        \end{figure}
-      \end{column}
-
-      \begin{column}{4.cm}
-        \begin{figure}
-          \includegraphics[width=0.7\columnwidth]{images/comparison_properly_improperly_graph}
-        \end{figure}
-      \end{column}
-    \end{columns}
-    \vspace{0.5cm}
-    \url{https://en.wikipedia.org/wiki/Misleading_graph}
-   }
-\end{frame}
-
-\begin{frame}[fragile]
-  \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
-  \framesubtitle{Plotting Interfaces in Matlab}
-  Es gibt zwei Wege Graphen zu bearbeiten:
-  \begin{enumerate}
-  \item Interaktiv \"uber das \textit{graphische User Interface}\pause
-  \item Die Kommandozeile bzw. in Skripten und Funktionen.\pause
-  \end{enumerate}
-  Beides hat seine Berechtigung und seine eigenen Vor- und Nachteile. Welche?
-\end{frame}
-
-
-\begin{frame}
-  \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
-  \framesubtitle{Ver\"anderung des Graphen \"uber die Kommandozeile}
-  \begin{itemize}
-  \item Erstellt ein Skript, dass einen Plot erstellt.
-  \item Dieser soll zwei Sinus unterschiedlicher Frequenz darstellen.
-  \end{itemize}
-  Wir werden jetzt die Kommandozeil bzw. das Skript verbessern um den
-  Plot ``sch\"oner'' zu machen.
-\end{frame}
-
-
-\begin{frame}
-  \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
-  \framesubtitle{Ver\"anderung des Graphen \"uber die Kommandozeile}
-  \begin{enumerate}
-  \item Einstellungen der Linienplots:
-    \begin{itemize}
-    \item St\"arke und Farbe.
-    \item Linienstil, Marker.
-    \end{itemize}\pause
-  \item Achsbeschriftung:
-    \begin{itemize}
-    \item \code{xlabel}, \code{ylabel}.
-    \item Schriftart und Gr\"o{\ss}e.
-    \end{itemize}\pause
-  \item Achsenskalierung und Ticks:
-    \begin{itemize}
-    \item Skalierung der Achsen (Minumum und Maxmimum, logarithmisch oder linear).
-    \item Manuelles Setzen der Ticks, ihrer Richtung und Beschriftung.
-    \item Grid or no Grid?
-    \end{itemize}\pause
-  \item Setzen von globalen Parametern:
-    \begin{itemize}
-    \item Einstellung der Papiergr\"o{\ss}e und plzieren der
-      Zeichenfl\"ache.
-    \item Box oder nicht?
-    \item Speichern der Abbildung als pdf.      
-    \end{itemize}
-  \end{enumerate}
-\end{frame}
-
-
-\begin{frame} [fragile]
- \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
- \framesubtitle{Ver\"andern von Eigenschaften \"uber die Kommandozeile}
- \vspace{-0.75em}
- \scriptsize
-  \begin{lstlisting}
-fig = figure();
-set(gcf, 'PaperUnits', 'centimeters', 'PaperSize', [11.7 9.0]);
-set(gcf, 'PaperPosition',[0.0 0.0 11.7 9.0], 'Color', 'white')
-hold on
-plot(time, neuronal_data, 'color', [ 0.2 0.5 0.7], 'linewidth', 1.)
-plot(spike_times, ones(size(spike_times))*threshold, 'ro', 'markersize', 4)
-line([time(1) time(end)], [threshold threshold], 'linestyle', '--',
-    'linewidth', 0.75, 'color', [0.9 0.9 0.9])
-ylim([0 35])
-xlim([0 2.25])
-box('off')
-xlabel('time [s]', 'fontname', 'MyriadPro-Regular', 'fontsize', 10)
-ylabel('potential [mV]', 'fontname', 'MyriadPro-Regular', 'fontsize', 10)
-title('pyramidal cell', 'fontname', 'MyriadPro-Regular', 'fontsize', 12)
-set(gca, 'TickDir','out', 'linewidth', 1.5, 'fontname', 'MyriadPro-Regular')
-saveas(fig, 'spike_detection.pdf', 'pdf')
-\end{lstlisting}
-\end{frame}
-
-
-\begin{frame} [fragile]
- \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
- \framesubtitle{Ver\"andern von Eigenschaften \"uber die Kommandozeile}
-     \begin{figure}
-      \centering
-      \includegraphics[width=0.75\columnwidth]{./images/spike_detection}
-    \end{figure}
-\end{frame}
-
-
-\begin{frame} [fragile]
- \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
- \framesubtitle{Welche Art Plot wof\"ur?}
- \url{http://www.mathworks.de/discovery/gallery.html}
-\end{frame}
-
-
-\begin{frame} [fragile]
- \frametitle{Graphische Darstellung von Daten}
- \framesubtitle{Was macht einen guten Abbildung aus?}
- \begin{enumerate}
- \item Klarheit.
- \item Vollstaendige Beschriftung.
- \item Deutliche Unterscheidbarkeit von Kurven.
- \item Keine suggestive Darstellung. 
- \item Ausgewogenheit von Linienst\"arken Schrift- und Plotgr\"o{\ss}e.
- \item Fehlerbalken, wenn sie angebracht sind.
- \end{enumerate}
-\end{frame}
-
-\end{document}