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Jan Grewe 2015-11-22 13:02:25 +01:00
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commit 0e196d5e80
6 changed files with 24 additions and 23 deletions
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6
pointprocesses/code/binnedRate.m
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@ -1,6 +1,6 @@
function [time, rate] = binned_rate(spike_times, bin_width, dt, t_max) function [time, rate] = binnedRate(spike_times, bin_width, dt, t_max)
% Calculates the firing rate with the binning method. The hist funciton is % Calculates the firing rate with the binning method. The hist
% used to count the number of spikes in each bin. % function is used to count the number of spikes in each bin.
% Arguments: % Arguments:
% spike_times, vector containing the times of the spikes. % spike_times, vector containing the times of the spikes.
% bin_width, the width of the bins in seconds. % bin_width, the width of the bins in seconds.

9
pointprocesses/code/convolutionRate.m
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@ -1,8 +1,9 @@
function [time, rate] = convolution_rate(spike_times, sigma, dt, t_max) function [time, rate] = convolutionRate(spike_times, sigma, dt, t_max)
% Calculates the firing rate with the convolution method. % Calculates the firing rate with the convolution method.
% Arguments: % Arguments:
% spike_times, a vector containing the spike times. % spike_times, a vector containing the spike times.
% sigma, the standard deviation of the Gaussian kernel in seconds. % sigma, the standard deviation of the Gaussian kernel
% in seconds.
% dt, the temporal resolution in seconds. % dt, the temporal resolution in seconds.
% t_max, the trial duration in seconds. % t_max, the trial duration in seconds.
% %
@ -12,13 +13,13 @@ time = 0:dt:t_max - dt;
rate = zeros(size(time)); rate = zeros(size(time));
spike_indices = round(spike_times / dt); spike_indices = round(spike_times / dt);
rate(spike_indices) = 1; rate(spike_indices) = 1;
kernel = gauss_kernel(sigma, dt); kernel = gaussKernel(sigma, dt);
rate = conv(rate, kernel, 'same'); rate = conv(rate, kernel, 'same');
end end
function y = gauss_kernel(s, step) function y = gaussKernel(s, step)
x = -4 * s:step:4 * s; x = -4 * s:step:4 * s;
y = exp(-0.5 .* (x ./ s) .^ 2) ./ sqrt(2 * pi) / s; y = exp(-0.5 .* (x ./ s) .^ 2) ./ sqrt(2 * pi) / s;
end end

4
pointprocesses/code/instantaneousRate.m
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@ -1,4 +1,4 @@
function [time, rate] = instantaneous_rate(spike_times, dt, t_max) function [time, rate] = instantaneousRate(spike_times, dt, t_max)
% Function calculates the firing rate as the inverse of the interspike % Function calculates the firing rate as the inverse of the interspike
% interval. % interval.
% Arguments: % Arguments:
@ -6,7 +6,7 @@ function [time, rate] = instantaneous_rate(spike_times, dt, t_max)
% dt, the temporal resolutions of the recording. % dt, the temporal resolutions of the recording.
% t_max, the duration of the trial. % t_max, the duration of the trial.
% %
% Returns the vector representing time and a vector containing the rate. % Returns two vectors containing the time and the rate.
time = 0:dt:t_max-dt; time = 0:dt:t_max-dt;
rate = zeros(size(time)); rate = zeros(size(time));

16
programming/lecture/programming.tex
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@ -1174,7 +1174,7 @@ ab und liefert ein Ergebnis $y$ zur\"uck. Listing
wird. wird.
\begin{lstlisting}[caption={Funktionsdefinition in \matlab{}}, label=functiondefinitionlisting] \begin{lstlisting}[caption={Funktionsdefinition in \matlab{}}, label=functiondefinitionlisting]
function [y] = function_name(arg_1, arg_2) function [y] = functionName(arg_1, arg_2)
% ^ ^ ^ % ^ ^ ^
% Rueckgabewert Argument_1, Argument_2 % Rueckgabewert Argument_1, Argument_2
\end{lstlisting} \end{lstlisting}
@ -1205,7 +1205,7 @@ Funktion, die eine Reihe von Sinusschwingungen unterschiedlicher
Frequenzen berechnet und graphisch darstellt. Frequenzen berechnet und graphisch darstellt.
\begin{lstlisting}[caption={Eine Beispielfunktion, die eine Reihe Sinusse plottet.},label=badsinewavelisting] \begin{lstlisting}[caption={Eine Beispielfunktion, die eine Reihe Sinusse plottet.},label=badsinewavelisting]
function meine_erste_funktion() % Funktionskopf function meineErsteFunktion() % Funktionskopf
t = (0:0.01:2); % hier faengt der Funktionskoerper an t = (0:0.01:2); % hier faengt der Funktionskoerper an
frequenz = 1.0; frequenz = 1.0;
amplituden = [0.25 0.5 0.75 1.0 1.25]; amplituden = [0.25 0.5 0.75 1.0 1.25];
@ -1256,7 +1256,7 @@ welche Daten sie zur\"uckliefern soll.
\begin{enumerate} \begin{enumerate}
\item \codeterm{Name:} der Name sollte beschreiben, was die Funktion \item \codeterm{Name:} der Name sollte beschreiben, was die Funktion
tut. In diesem Fall berechnet sie einen Sinus. Ein geeigneter Name tut. In diesem Fall berechnet sie einen Sinus. Ein geeigneter Name
w\"are also \code{calculate\_sinewave}. w\"are also \code{calculateSinewave}.
\item \codeterm{Argumente:} die zu brechnende Sinusschwingung sei durch \item \codeterm{Argumente:} die zu brechnende Sinusschwingung sei durch
ihre Frequenz und die Amplitude bestimmt. Des Weiteren soll noch ihre Frequenz und die Amplitude bestimmt. Des Weiteren soll noch
festgelegt werden, wie lang der Sinus sein soll und mit welcher festgelegt werden, wie lang der Sinus sein soll und mit welcher
@ -1271,7 +1271,7 @@ Mit dieser Information ist es nun gut m\"oglich die Funktion zu
implementieren (Listing \ref{sinefunctionlisting}). implementieren (Listing \ref{sinefunctionlisting}).
\begin{lstlisting}[caption={Funktion, die einen Sinus berechnet.}, label=sinefunctionlisting] \begin{lstlisting}[caption={Funktion, die einen Sinus berechnet.}, label=sinefunctionlisting]
function [time, sine] = calculate_sinewave(frequency, amplitude, t_max, t_step) function [time, sine] = calculateSinewave(frequency, amplitude, t_max, t_step)
% The function calculates a sinewave with a given frequency and % The function calculates a sinewave with a given frequency and
% amplitude. % amplitude.
% Arguments: frequency, the frequency of the sine % Arguments: frequency, the frequency of the sine
@ -1289,7 +1289,7 @@ function [time, sine] = calculate_sinewave(frequency, amplitude, t_max, t_step)
Diese Aufgabe kann auch von einer Funktion \"ubernommen werden. Diese Diese Aufgabe kann auch von einer Funktion \"ubernommen werden. Diese
Funktion hat keine andere Aufgabe, als die Daten zu plotten. Ihr Name Funktion hat keine andere Aufgabe, als die Daten zu plotten. Ihr Name
sollte sich an dieser Aufgabe orientieren sollte sich an dieser Aufgabe orientieren
(z.B. \code{plot\_sinewave}). Um einen einzelnen Sinus zu plotten (z.B. \code{plotSinewave}). Um einen einzelnen Sinus zu plotten
werden im Wesentlichen die x-Werte und die zugeh\"origen y-Werte werden im Wesentlichen die x-Werte und die zugeh\"origen y-Werte
ben\"otigt. Da mehrere Sinus geplottet werden sollen ist es auch ben\"otigt. Da mehrere Sinus geplottet werden sollen ist es auch
sinnvoll eine Zeichenkette f\"ur die Legende an die Funktion zu sinnvoll eine Zeichenkette f\"ur die Legende an die Funktion zu
@ -1297,7 +1297,7 @@ sinnvoll eine Zeichenkette f\"ur die Legende an die Funktion zu
R\"uckgabewert ben\"otigt (Listing \ref{sineplotfunctionlisting}). R\"uckgabewert ben\"otigt (Listing \ref{sineplotfunctionlisting}).
\begin{lstlisting}[caption={Funktion, die die Daten plottet.}, label=sineplotfunctionlisting] \begin{lstlisting}[caption={Funktion, die die Daten plottet.}, label=sineplotfunctionlisting]
function plot_sinewave(x_data, y_data, name) function plotSinewave(x_data, y_data, name)
% Plots x-data against y-data and sets the display name. % Plots x-data against y-data and sets the display name.
% Arguments: x_data, the x-data % Arguments: x_data, the x-data
% y_data, the y-data % y_data, the y-data
@ -1329,9 +1329,9 @@ figure()
hold on hold on
for i = 1:length(amplitudes) for i = 1:length(amplitudes)
[x_data, y_data] = calculate_sinewave(frequency, amplitudes(i), ... [x_data, y_data] = calculateSinewave(frequency, amplitudes(i), ...
t_max, t_step); t_max, t_step);
plot_sinewave(x_data, y_data, sprintf('freq: %5.2f, ampl: %5.2f',... plotSinewave(x_data, y_data, sprintf('freq: %5.2f, ampl: %5.2f',...
frequency, amplitudes(i))) frequency, amplitudes(i)))
end end
legend('show') legend('show')

6
programmingstyle/code/calculate_sines.m → programmingstyle/code/calculateSines.m
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@ -1,4 +1,4 @@
function sines = calculate_sines(x, amplitudes, frequencies) function sines = calculateSines(x, amplitudes, frequencies)
% Function calculates sinewaves with all combinations of % Function calculates sinewaves with all combinations of
% given amplitudes and frequencies. % given amplitudes and frequencies.
% Arguments: x, a vector of radiants for which the sine should be % Arguments: x, a vector of radiants for which the sine should be
@ -12,12 +12,12 @@ function sines = calculate_sines(x, amplitudes, frequencies)
sines = zeros(length(x), length(amplitudes), length(frequencies)); sines = zeros(length(x), length(amplitudes), length(frequencies));
for i = 1:length(amplitudes) for i = 1:length(amplitudes)
sines(:,i,:) = sines_with_frequencies(x, amplitudes(i), frequencies); sines(:,i,:) = sinesWithFrequencies(x, amplitudes(i), frequencies);
end end
end end
function sines = sines_with_frequencies(x, amplitude, frequencies) function sines = sinesWithFrequencies(x, amplitude, frequencies)
sines = zeros(length(x), length(frequencies)); sines = zeros(length(x), length(frequencies));
for i = 1:length(frequencies) for i = 1:length(frequencies)
sines(:,i) = sinewave(x, amplitude, frequencies(i)); sines(:,i) = sinewave(x, amplitude, frequencies(i));

2
programmingstyle/lecture/programmingstyle.tex
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@ -328,7 +328,7 @@ M\"oglichkeit sogenannte \codeterm{lokale Funktionen} oder auch
erstellen. Listing \ref{localfunctions} zeigt ein Beispiel f\"ur eine erstellen. Listing \ref{localfunctions} zeigt ein Beispiel f\"ur eine
lokale Funktion. lokale Funktion.
\lstinputlisting[label=localfunctions, caption={\codeterm{Lokale Funktionen} erh\"ohen die Lesbarkeit sind aber nur innerhalb der definierenden Datei verf\"ugbar.}]{calculate_sines.m} \lstinputlisting[label=localfunctions, caption={\codeterm{Lokale Funktionen} erh\"ohen die Lesbarkeit sind aber nur innerhalb der definierenden Datei verf\"ugbar.}]{calculateSines.m}
Lokale Funktionen existieren in der gleichen Datei und sind nur dort Lokale Funktionen existieren in der gleichen Datei und sind nur dort
verf\"ugbar. Jede Funktion hat ihren eigenen G\"ultigkeitsbereich, das verf\"ugbar. Jede Funktion hat ihren eigenen G\"ultigkeitsbereich, das