[torus] add stimulus creation script
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2cbb26f14e
commit
491bbcde2a
6
torus/code/args.py
Normal file
6
torus/code/args.py
Normal file
@ -0,0 +1,6 @@
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description = "Tool to create stimuli that drive the tuberous and ampullary system."
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beat_help = 'The desired beat frequency for stimulating the tuberous system. (Default=20Hz)'
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dc_help = 'The frequency of the low-frequency modulation driving the ampullary stimulus. (Default=20Hz)'
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dt_help = 'Stepsize used to create the stimulus (default: 0.05ms, aka 20kHz sampling rate).'
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maxfreq_help = "Maximum frequency for zap stimulus (default 100Hz)."
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arguments = [ "frequency", "amplitude", "dc", "beat", "contrast" ]
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120
torus/code/multisensory_stimuli.py
Executable file
120
torus/code/multisensory_stimuli.py
Executable file
@ -0,0 +1,120 @@
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#!/usr/bin/env python3
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# -*- coding: utf-8 -*-
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import argparse
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import args
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import numpy as np
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import matplotlib.pyplot as plt
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from IPython import embed
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class MultichannelStimulus(object):
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def __init__(self, namespace):
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assert(namespace is not None)
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assert(isinstance(namespace, argparse.Namespace))
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self._constrast_stimulus = None
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self._zap_stimulus = None
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self._phase_stimulus = None
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self._eod_ampl = namespace.amplitude
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self._eod_freq = namespace.frequency
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self._df = namespace.beatfrequency
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self._dcf = namespace.dcfrequency
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self._outfile = namespace.outfile
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self._dt = namespace.stepsize
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self._maxfreq = namespace.maxfreq
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self._zap_duration = 10.0
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self._contrast_sweep_duration = 5.0
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self._phase_sweep_duration = 5.0
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self.create_contrast_stim()
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self.create_phase_stim()
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self.create_zap_stim()
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def create_contrast_stim(self):
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t = np.arange(0, self._contrast_sweep_duration, self._dt)
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sweep_up = np.linspace(0., 1.0, len(t))
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am = np.sin((self._eod_freq + self._df) * 2 * np.pi * t)
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dc = np.sin(2*np.pi*self._dcf*t)
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am_sweep = am * sweep_up
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dc_sweep = dc * sweep_up
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self._contrast_stimulus = np.hstack((am_sweep, dc_sweep, am + dc_sweep, dc + am_sweep))
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header = {" ": "Contrast sweeps for ampullary and tuberous pathways",
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"sd": 1.0,
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"deltat": "%.5f s" % self._dt,
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"eodf": self._eod_freq,
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"df": self._df,
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"dcf": self._dcf,
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"T": "%.3f s" % (4 * self._contrast_sweep_duration)}
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self.save_stim(np.arange(len(self._contrast_stimulus)) * self._dt, self._contrast_stimulus, header,
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"contrast_sweep")
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def create_phase_stim(self):
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t = np.arange(0, self._phase_sweep_duration, self._dt)
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phase_sweep = np.linspace(0., 2*np.pi, len(t))
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am = np.sin((self._eod_freq + self._df) * 2 * np.pi * t)
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||||||
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dc = np.sin(2*np.pi*self._df*t + phase_sweep)
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self._phase_stimulus = am + dc
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header = {" ": "Phase sweep stimulating ampullary and tuberous pathways",
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"sd": 1.0,
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|
"deltat": "%.5f s" % self._dt,
|
||||||
|
"eodf": self._eod_freq,
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||||||
|
"df": self._df,
|
||||||
|
"T": "%.3f s" % (self._phase_sweep_duration)}
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||||||
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self.save_stim(t, self._phase_stimulus, header, "phase_sweep")
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def create_zap_stim(self):
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t = np.arange(0, self._zap_duration, self._dt)
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m = self._maxfreq/self._zap_duration
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dc = np.sin(2*np.pi*m*t*t)
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||||||
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am = np.sin(2*np.pi*(m*t + self._eod_freq)*t)
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self._zap_stimulus = np.hstack((dc, am, dc+am))
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||||||
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header = {" ": "Zap stimulus for ampullary and tuberous pathways",
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|
"sd": 1.0,
|
||||||
|
"deltat": "%.5f s" % self._dt,
|
||||||
|
"eodf": self._eod_freq,
|
||||||
|
"maxf": self._maxfreq,
|
||||||
|
"T": "%.3f s" % (3*self._zap_duration)}
|
||||||
|
self.save_stim(np.arange(len(self._zap_stimulus))*self._dt, self._zap_stimulus, header, "zap")
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def save_stim(self, time, stimulus, header, suffix):
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assert(isinstance(header, dict))
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with open('_'.join((self._outfile, suffix)) + '.dat', "w") as f:
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for h in header.items():
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if len(h[0].strip()) == 0:
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f.write("# %s\n" % (h[1]))
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else:
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f.write("# %s = %s\n" % (h[0], h[1]))
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f.write("\n")
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f.write("#Key\n")
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f.write("# t \t x \n")
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f.write("# s \t 1 \n")
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for t, s in zip(time, stimulus):
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f.write("%.5f\t %.7f\n" % (t, s))
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f.write("\n")
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if __name__ == "__main__":
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parser = argparse.ArgumentParser(description=args.description)
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parser.add_argument('-f', '--frequency', metavar="f", type=float, default='100',
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help='The fish\'s EOD frequency')
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parser.add_argument('-a', '--amplitude', metavar='a', type=float,
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help='The fish\'s EOD amplitude in mV/cm')
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||||||
|
parser.add_argument('-bf', '--beatfrequency', default=20, metavar='b', type=float,
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||||||
|
help=args.beat_help)
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||||||
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parser.add_argument('-dc', '--dcfrequency', default=20, metavar='dcfreq', type=float,
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help=args.dc_help)
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|
parser.add_argument('-dt', '--stepsize', type=float, default=1./20000,
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||||||
|
help=args.dt_help)
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||||||
|
parser.add_argument('-mf', '--maxfreq', type=float, default=100.,
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|
help=args.maxfreq_help)
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||||||
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parser.add_argument('outfile prefix', help="name of the output file may include the path")
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args = parser.parse_args()
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|
stim = MultichannelStimulus(args)
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228
torus/relacs.cfg
Normal file
228
torus/relacs.cfg
Normal file
@ -0,0 +1,228 @@
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|
*Settings
|
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|
Plugins:
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|
pluginpathes : [ base*, base*, misc*, ephys*, efield*, efish*, comedi*, attcs3310* ]
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pluginhelppathes: ~
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controlplugin : [ Session, AmplifierControl, SpectrumAnalyzer ]
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||||||
|
modelplugin : PUnitModel
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|
Pathes:
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pathformat : %04Y-%02m-%02d-%a2a-invivo-1
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defaultpath: dry/
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repropath : [ stimuli/repros/, reprodata, stimuli/repros/ ]
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|
infofile : info.dat
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Save:
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saverelacsfiles : true
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saveodmlfiles : false
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|
savenixfiles : true
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savenixcompressed: true
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saverelacscore : true
|
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|
saverelacsplugins: true
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|
saverelacslog : true
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|
saveattenuators : true
|
||||||
|
Date/time formats:
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|
elapsedformat : "%02H:%02M"
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|
sessiontimeformat: %Hh%02Mmin%02Ssec
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||||||
|
reprotimeformat : %Mmin%02Ssec
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|
Plotting:
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|
printcommand: ~
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|
Data acquisition:
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|
processinterval: 50ms
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aitimeout : 10seconds
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*Metadata
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-Setup-:
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Identifier (Name): invivo1
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Maintainer : Jan Grewe
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Creator : Jan Grewe and Jan Benda
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Location (Room) : "5A17"
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Lab : Neuroethology Lab
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Institute : Institute for Neurobiology
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University : University Tuebingen
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Address : Auf der Morgenstelle 28
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|
*RELACS
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input data:
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inputsamplerate : 40kHz
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inputtracecapacity : 600s
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|
inputunipolar : false
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|
inputtraceid : [ V-1, EOD, LocalEOD-1, GlobalEFieldStimulus ]
|
||||||
|
inputtracescale : [ 100, 1, 20, 5 ]
|
||||||
|
inputtraceunit : [ mV, mV, mV, mV ]
|
||||||
|
inputtracedevice : [ ai-1, ai-1, ai-1, ai-1 ]
|
||||||
|
inputtracechannel : [ 6, 0, 2, 4 ]
|
||||||
|
inputtracereference: [ ground, ground, ground, ground ]
|
||||||
|
inputtracemaxvalue : [ 100, 5, 3, 1 ]
|
||||||
|
inputtracecenter : [ true, true, true, true ]
|
||||||
|
output data:
|
||||||
|
outputtraceid : [ GlobalEField, GlobalEFieldAM, V, I ]
|
||||||
|
outputtracedevice : [ ao-1, ao-1, ao-1, ao-1 ]
|
||||||
|
outputtracechannel : [ 1, 0, 2, 3 ]
|
||||||
|
outputtracescale : [ 1, 1, 1, 1 ]
|
||||||
|
outputtraceunit : [ V, V, V, V ]
|
||||||
|
outputtracemaxrate : [ 100kHz, 100kHz, 100kHz, 100kHz ]
|
||||||
|
outputtracemodality: [ voltage, voltage, voltage, current ]
|
||||||
|
|
||||||
|
*Macros
|
||||||
|
file : [ macros.cfg, macrotorus.cfg, macrosdc.cfg, macrosam.cfg, macro_ELL_MS.cfg, macros_fakefish.cfg, macro_ELL_AM.cfg, /home/efish/data/ephys/pyramidals/macros.cfg ]
|
||||||
|
mainfile : macros.cfg
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|
fallbackonreload: true
|
||||||
|
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|
*FilterDetectors
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|
Filter1:
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|
name : Spikes-1
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|
filter : DynamicSUSpikeDetector
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inputtrace : V-1
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|
save : true
|
||||||
|
savesize : true
|
||||||
|
savewidth : true
|
||||||
|
savemeanrate : true
|
||||||
|
savemeansize : true
|
||||||
|
savemeanwidth : true
|
||||||
|
savemeanquality: true
|
||||||
|
plot : true
|
||||||
|
buffersize : 300000
|
||||||
|
storesize : true
|
||||||
|
storewidth : false
|
||||||
|
Filter2:
|
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|
name : EOD
|
||||||
|
filter : EODDetector
|
||||||
|
inputtrace : EOD
|
||||||
|
save : false
|
||||||
|
savesize : false
|
||||||
|
savewidth : false
|
||||||
|
savemeanrate : true
|
||||||
|
savemeansize : true
|
||||||
|
savemeanwidth : false
|
||||||
|
savemeanquality: false
|
||||||
|
plot : true
|
||||||
|
buffersize : 300000
|
||||||
|
storesize : true
|
||||||
|
storewidth : false
|
||||||
|
Filter3:
|
||||||
|
name : Chirps
|
||||||
|
filter : ChirpDetector
|
||||||
|
inputtrace : EOD
|
||||||
|
save : true
|
||||||
|
savesize : true
|
||||||
|
savewidth : true
|
||||||
|
savemeanrate : true
|
||||||
|
savemeansize : false
|
||||||
|
savemeanwidth : false
|
||||||
|
savemeanquality: false
|
||||||
|
plot : true
|
||||||
|
buffersize : 300000
|
||||||
|
storesize : true
|
||||||
|
storewidth : true
|
||||||
|
Filter4:
|
||||||
|
name : LocalEOD-1
|
||||||
|
filter : EODDetector
|
||||||
|
inputtrace : LocalEOD-1
|
||||||
|
save : false
|
||||||
|
savesize : false
|
||||||
|
savewidth : false
|
||||||
|
savemeanrate : true
|
||||||
|
savemeansize : true
|
||||||
|
savemeanwidth : false
|
||||||
|
savemeanquality: false
|
||||||
|
plot : true
|
||||||
|
buffersize : 300000
|
||||||
|
storesize : true
|
||||||
|
storewidth : false
|
||||||
|
Filter5:
|
||||||
|
name : LocalBeat-1
|
||||||
|
filter : BeatDetector
|
||||||
|
inputtrace : LocalEOD-1
|
||||||
|
save : true
|
||||||
|
savesize : true
|
||||||
|
savewidth : false
|
||||||
|
savemeanrate : true
|
||||||
|
savemeansize : true
|
||||||
|
savemeanwidth : false
|
||||||
|
savemeanquality: false
|
||||||
|
plot : true
|
||||||
|
buffersize : 300000
|
||||||
|
storesize : true
|
||||||
|
storewidth : false
|
||||||
|
othertrace : Chirps
|
||||||
|
Filter6:
|
||||||
|
name : GlobalEFieldStimulus
|
||||||
|
filter : EODDetector
|
||||||
|
inputtrace : GlobalEFieldStimulus
|
||||||
|
save : false
|
||||||
|
savesize : false
|
||||||
|
savewidth : false
|
||||||
|
savemeanrate : true
|
||||||
|
savemeansize : true
|
||||||
|
savemeanwidth : false
|
||||||
|
savemeanquality: false
|
||||||
|
plot : true
|
||||||
|
buffersize : 300000
|
||||||
|
storesize : true
|
||||||
|
storewidth : false
|
||||||
|
|
||||||
|
*AudioMonitor
|
||||||
|
device : [ "-1 default", "0 HDA Intel PCH: CX20642 Analog (hw:0,0) (2 channels)", "2 HDA Intel PCH: HDMI 0 (hw:0,3) (8 channels)", "3 HDA Intel PCH: HDMI 1 (hw:0,7) (8 channels)", "4 sysdefault (128 channels)", "5 front (2 channels)", "6 surround40 (2 channels)", "7 surround51 (2 channels)", "8 surround71 (2 channels)", "9 hdmi (8 channels)", "10 pulse (32 channels)", "11 dmix (2 channels)", "12 default (32 channels) - default" ]
|
||||||
|
enable : true
|
||||||
|
mute : false
|
||||||
|
gain : 1
|
||||||
|
audiorate: [ "48", "8", "16", "22.05", "44.1", "48", "96" ]kHz
|
||||||
|
|
||||||
|
*Devices
|
||||||
|
Device1:
|
||||||
|
plugin : AmplMode
|
||||||
|
device : dio-1
|
||||||
|
ident : ampl-1
|
||||||
|
buzzerpin : 14
|
||||||
|
resistancepin: 15
|
||||||
|
bridgepin : 10
|
||||||
|
cclamppin : 9
|
||||||
|
vclamppin : 8
|
||||||
|
dclamppin : 13
|
||||||
|
syncpin : 7
|
||||||
|
buzzerpulse : 500
|
||||||
|
|
||||||
|
*Analog Input Devices
|
||||||
|
Device1:
|
||||||
|
plugin: ComediAnalogInput
|
||||||
|
device: /dev/comedi0
|
||||||
|
ident : ai-1
|
||||||
|
|
||||||
|
*Analog Output Devices
|
||||||
|
Device1:
|
||||||
|
plugin: ComediAnalogOutput
|
||||||
|
device: /dev/comedi0
|
||||||
|
ident : ao-1
|
||||||
|
|
||||||
|
*Digital I/O Devices
|
||||||
|
Device1:
|
||||||
|
plugin: ComediDigitalIO
|
||||||
|
device: /dev/comedi0
|
||||||
|
ident : dio-1
|
||||||
|
|
||||||
|
*Attenuator Devices
|
||||||
|
Device1:
|
||||||
|
plugin: [ CS3310DIO, AttSim ]
|
||||||
|
device: dio-1
|
||||||
|
ident : attdev-1
|
||||||
|
|
||||||
|
*Attenuator Interfaces
|
||||||
|
Device1:
|
||||||
|
plugin : LinearAttenuate
|
||||||
|
device : attdev-1
|
||||||
|
line : 0
|
||||||
|
aodevice : ao-1
|
||||||
|
aochannel : 0
|
||||||
|
ident : Attenuator-0
|
||||||
|
intensityname : amplitude
|
||||||
|
intensityunit : mV/cm
|
||||||
|
intensityformat: %6.3f
|
||||||
|
Device2:
|
||||||
|
plugin : LinearAttenuate
|
||||||
|
device : attdev-1
|
||||||
|
line : 1
|
||||||
|
aodevice : ao-1
|
||||||
|
aochannel : 1
|
||||||
|
ident : Attenuator-1
|
||||||
|
intensityname : amplitude
|
||||||
|
intensityunit : mV/cm
|
||||||
|
intensityformat: %6.3f
|
||||||
|
|
||||||
771
torus/relacsplugins.cfg
Normal file
771
torus/relacsplugins.cfg
Normal file
@ -0,0 +1,771 @@
|
|||||||
|
*Metadata
|
||||||
|
Recording:
|
||||||
|
Recording quality: [ Good, ~, good, poor, Poor, Fair, Good ]
|
||||||
|
Comment : ~
|
||||||
|
Experimenter : [ Jan Grewe, Dennis Huben, Janez Presern, Fabian Sinz, Juan Sehuanes, Carolin Sachgau, Jie Zhang, Jan Grewe, Jan Benda ]
|
||||||
|
WaterTemperature : 24.5°C
|
||||||
|
WaterConductivity: 330uS/cm
|
||||||
|
Cell:
|
||||||
|
CellType (Cell type) : [ unkown, Pyramidal, E-cell, E-cell deep, unknow, E-Cell, unkown, E-cell superficial, I-Cell, P-unit, Ampullary, T-unit ]
|
||||||
|
Structure (Recording location): [ Brain, Nerve, Brain ]
|
||||||
|
BrainRegion : [ TSd, TSd, Torus, n.A., ELL ]
|
||||||
|
BrainSubRegion : [ ~, ~, LS, CLS, CMS, MS ]
|
||||||
|
Depth : 535.7um
|
||||||
|
Lateral position : -1.4mm
|
||||||
|
Transverse section : 7
|
||||||
|
Subject:
|
||||||
|
Species : [ Apteronotus leptorhynchus, Apteronotus albifrons, Apteronotus leptorhynchus ]
|
||||||
|
Gender (Sex): [ unknown, unknown, Male, Female ]
|
||||||
|
Size : 17cm
|
||||||
|
Weight : 13.6g
|
||||||
|
Identifier : "2018lepto24"
|
||||||
|
-Preparation-:
|
||||||
|
Type : [ in vivo, in vivo, slice ]
|
||||||
|
Anaesthesia : true
|
||||||
|
Anaesthetic (Drug) : MS 222
|
||||||
|
AnaestheticDose (Concentration): 100mg/l
|
||||||
|
LocalAnaesthesia : true
|
||||||
|
LocalAnaesthetic (Drug) : Lidocaine
|
||||||
|
Immobilization : true
|
||||||
|
ImmobilizationDrug (Drug) : Tubocurarin 5mg/L
|
||||||
|
ImmobilizationDose : 50ul
|
||||||
|
|
||||||
|
*Control: Session
|
||||||
|
ephys: true
|
||||||
|
|
||||||
|
*Control: AmplifierControl
|
||||||
|
initmode : [ Bridge, Current-clamp, Dynamic-clamp, Voltage-clamp, Manual selection ]
|
||||||
|
resistancecurrent: 1nA
|
||||||
|
adjust : false
|
||||||
|
maxresistance : 100MOhm
|
||||||
|
buzzpulse : 500ms
|
||||||
|
showswitchmessage: true
|
||||||
|
showbridge : true
|
||||||
|
showcc : false
|
||||||
|
showdc : false
|
||||||
|
showvc : false
|
||||||
|
showmanual : false
|
||||||
|
syncpulse : 10us
|
||||||
|
syncmode : 0samples
|
||||||
|
vcgain : 100
|
||||||
|
vctau : 1ms
|
||||||
|
|
||||||
|
*Control: SpectrumAnalyzer
|
||||||
|
intrace : [ LocalEOD-1, V-1, EOD, LocalEOD-1, GlobalEFieldStimulus ]
|
||||||
|
origin : [ before end of data, before signal, after signal ]
|
||||||
|
offset : 0ms
|
||||||
|
duration : 1000ms
|
||||||
|
resolution: 10Hz
|
||||||
|
overlap : true
|
||||||
|
window : [ Hanning, Bartlett, Blackman, Blackman-Harris, Hamming, Hanning, Parzen, Square, Welch ]
|
||||||
|
fmax : 500Hz
|
||||||
|
decibel : true
|
||||||
|
peak : true
|
||||||
|
pmin : -50dB
|
||||||
|
|
||||||
|
*Model: PUnitModel
|
||||||
|
General:
|
||||||
|
EOD:
|
||||||
|
eodtype : [ Sine, None, Sine, Apteronotus, Eigenmannia ]
|
||||||
|
eodfreq : 800Hz
|
||||||
|
eodfreqsd : 10Hz
|
||||||
|
eodfreqtau : 10000s
|
||||||
|
eodlocalamplitude : 1mV/cm
|
||||||
|
eodglobalamplitude: 1mV/cm
|
||||||
|
localstimulusgain : 1.00
|
||||||
|
globalstimulusgain: 0.00
|
||||||
|
stimulusgain : 1.00
|
||||||
|
Spikes:
|
||||||
|
voltagescale: 0.5
|
||||||
|
General:
|
||||||
|
Spike generator:
|
||||||
|
spikemodel: [ Wang-Buzsaki, Stimulus, Passive membrane, Morris-Lecar, Hodgkin-Huxley, Connor, Wang-Buzsaki ]
|
||||||
|
noised : 0
|
||||||
|
deltat : 0.05ms
|
||||||
|
integrator: [ Euler, Midpoint, Runge-Kutta 4 ]
|
||||||
|
Voltage clamp:
|
||||||
|
vcgain: 10
|
||||||
|
vctau : 0.1ms
|
||||||
|
Currents:
|
||||||
|
Voltage-gated current 1 - activation only:
|
||||||
|
gmc : 0
|
||||||
|
emc : -90mV
|
||||||
|
mvmc : -40mV
|
||||||
|
mwmc : 10mV
|
||||||
|
taumc: 10ms
|
||||||
|
Voltage-gated current 2 - activation and inactivation:
|
||||||
|
gmhc : 0
|
||||||
|
emhc : -90mV
|
||||||
|
mvmhc : -40mV
|
||||||
|
mwmhc : 10mV
|
||||||
|
taummhc: 10ms
|
||||||
|
pmmhc : 1
|
||||||
|
hvmhc : -40mV
|
||||||
|
hwmhc : 10mV
|
||||||
|
tauhmhc: 10ms
|
||||||
|
pmhhc : 1
|
||||||
|
|
||||||
|
*Model: Stimulus
|
||||||
|
Input:
|
||||||
|
gain : 1
|
||||||
|
offset: 0muA/cm^2
|
||||||
|
|
||||||
|
*Model: Passive membrane
|
||||||
|
Parameter:
|
||||||
|
R: 50MOhm
|
||||||
|
C: 25pF
|
||||||
|
Input:
|
||||||
|
gain : 1
|
||||||
|
offset: 0muA/cm^2
|
||||||
|
|
||||||
|
*Model: Morris-Lecar
|
||||||
|
General:
|
||||||
|
params: [ Custom, Type I, Type II ]
|
||||||
|
Calcium current:
|
||||||
|
gca : 4nS
|
||||||
|
eca : 120mV
|
||||||
|
mvca: -1.2mV
|
||||||
|
mkca: 18mV
|
||||||
|
Potassium current:
|
||||||
|
gk : 8nS
|
||||||
|
ek : -84mV
|
||||||
|
mvk : 12mV
|
||||||
|
mkk : 17.4mV
|
||||||
|
mphik: 0.067kHz
|
||||||
|
Leak current:
|
||||||
|
gl: 2nS
|
||||||
|
el: -60mV
|
||||||
|
c : 20pF
|
||||||
|
Input:
|
||||||
|
timescale: 10
|
||||||
|
gain : 1
|
||||||
|
offset : 40muA/cm^2
|
||||||
|
|
||||||
|
*Model: Hodgkin-Huxley
|
||||||
|
Sodium current:
|
||||||
|
gna: 120mS/cm^2
|
||||||
|
ena: 50mV
|
||||||
|
Potassium current:
|
||||||
|
gk: 36mS/cm^2
|
||||||
|
ek: -77mV
|
||||||
|
Leak current:
|
||||||
|
gl : 0.3mS/cm^2
|
||||||
|
el : -54.4mV
|
||||||
|
c : 1muF/cm^2
|
||||||
|
phi: 1
|
||||||
|
Input:
|
||||||
|
gain : 1
|
||||||
|
offset: 0muA/cm^2
|
||||||
|
|
||||||
|
*Model: Connor
|
||||||
|
Sodium current:
|
||||||
|
gna: 120mS/cm^2
|
||||||
|
ena: 50mV
|
||||||
|
Potassium current:
|
||||||
|
gk: 20mS/cm^2
|
||||||
|
ek: -77mV
|
||||||
|
A current:
|
||||||
|
gka: 47mS/cm^2
|
||||||
|
eka: -80mV
|
||||||
|
Leak current:
|
||||||
|
gl : 0.3mS/cm^2
|
||||||
|
el : -22mV
|
||||||
|
c : 1muF/cm^2
|
||||||
|
phi: 1
|
||||||
|
Input:
|
||||||
|
gain : 1
|
||||||
|
offset: 0muA/cm^2
|
||||||
|
|
||||||
|
*Model: Wang-Buzsaki
|
||||||
|
Sodium current:
|
||||||
|
gna: 35mS/cm^2
|
||||||
|
ena: 55mV
|
||||||
|
Potassium current:
|
||||||
|
gk: 9mS/cm^2
|
||||||
|
ek: -90mV
|
||||||
|
Leak current:
|
||||||
|
gl : 0.1mS/cm^2
|
||||||
|
el : -65mV
|
||||||
|
c : 1muF/cm^2
|
||||||
|
phi: 5
|
||||||
|
Input:
|
||||||
|
gain : 1
|
||||||
|
offset: 0muA/cm^2
|
||||||
|
|
||||||
|
*Event Detector: Spikes-1
|
||||||
|
Detector:
|
||||||
|
minthresh: 8.4mV
|
||||||
|
decay : 1sec
|
||||||
|
ratio : 12%
|
||||||
|
testwidth: false
|
||||||
|
maxwidth : 2.0ms
|
||||||
|
Indicators:
|
||||||
|
resolution : 0.10mV
|
||||||
|
trendthresh: 10%
|
||||||
|
trendtime : 2.0sec
|
||||||
|
|
||||||
|
*Event Detector: EOD
|
||||||
|
threshold : 0.26mV
|
||||||
|
interpolation: [ linear interpolation, closest datapoint, linear interpolation, linear fit, quadratic fit ]
|
||||||
|
|
||||||
|
*Event Detector: Chirps
|
||||||
|
minthresh: 10Hz
|
||||||
|
|
||||||
|
*Event Detector: LocalEOD-1
|
||||||
|
threshold : 0.1mV
|
||||||
|
interpolation: [ linear interpolation, closest datapoint, linear interpolation, linear fit, quadratic fit ]
|
||||||
|
|
||||||
|
*Event Detector: LocalBeat-1
|
||||||
|
minthresh: 0.022mV
|
||||||
|
|
||||||
|
*Event Detector: GlobalEFieldStimulus
|
||||||
|
threshold : 0.044256mV
|
||||||
|
interpolation: [ linear interpolation, closest datapoint, linear interpolation, linear fit, quadratic fit ]
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: Pause
|
||||||
|
duration : 1sec
|
||||||
|
savedata : false
|
||||||
|
plotwidth: 0sec
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: Record
|
||||||
|
duration : 1sec
|
||||||
|
plotwidth: 0sec
|
||||||
|
dioout : false
|
||||||
|
diodevice: dio-1
|
||||||
|
dioline : 0
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: SaveTraces
|
||||||
|
General:
|
||||||
|
duration : 1sec
|
||||||
|
savedata : false
|
||||||
|
split : false
|
||||||
|
dioout : false
|
||||||
|
diodevice: dio-1
|
||||||
|
dioline : 0
|
||||||
|
Analog input traces:
|
||||||
|
trace-V-1 : true
|
||||||
|
trace-EOD : true
|
||||||
|
trace-LocalEOD-1 : true
|
||||||
|
trace-GlobalEFieldStimulus: true
|
||||||
|
Events:
|
||||||
|
events-Spikes-1 : true
|
||||||
|
events-EOD : true
|
||||||
|
events-Chirps : true
|
||||||
|
events-LocalEOD-1 : true
|
||||||
|
events-LocalBeat-1-1 : true
|
||||||
|
events-LocalBeat-1-2 : true
|
||||||
|
events-GlobalEFieldStimulus: true
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: SetAttenuatorGain
|
||||||
|
outrace : V-1
|
||||||
|
gain : 1
|
||||||
|
interactive: true
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: SetDigitalOutput
|
||||||
|
device : dio-1
|
||||||
|
line : 0
|
||||||
|
value : 0
|
||||||
|
interactive: false
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: SetInputGain
|
||||||
|
intrace : [ V-1, EOD, LocalEOD-1, GlobalEFieldStimulus ]
|
||||||
|
gainindex : 0
|
||||||
|
interactive: true
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: SetOutput
|
||||||
|
outtrace : [ GlobalEField, GlobalEFieldAM, V, I ]
|
||||||
|
value : 0V
|
||||||
|
intensity : 1
|
||||||
|
interactive: true
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: Spectrogram
|
||||||
|
intrace : [ V-1, EOD, LocalEOD-1, GlobalEFieldStimulus ]
|
||||||
|
width : 100ms
|
||||||
|
step : 0ms
|
||||||
|
tmax : 10s
|
||||||
|
duration: 0s
|
||||||
|
size : [ "1024", "64", "128", "256", "512", "1024", "2048", "4096", "8192", "16384", "32768", "65536", "131072", "262144", "524288", "1048576" ]
|
||||||
|
overlap : true
|
||||||
|
window : [ Hanning, Bartlett, Blackman, Blackman-Harris, Hamming, Hanning, Parzen, Square, Welch ]
|
||||||
|
powermax: true
|
||||||
|
fmax : 2000Hz
|
||||||
|
pmax : 0dB
|
||||||
|
pmin : -50dB
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: TransferFunction
|
||||||
|
Stimulus:
|
||||||
|
outtrace : [ GlobalEField, GlobalEFieldAM, V, I ]
|
||||||
|
offsetbase: [ custom, current ]value
|
||||||
|
offset : 0V
|
||||||
|
amplitude : 1V
|
||||||
|
clip : 4
|
||||||
|
intensity : 1
|
||||||
|
fmin : 0Hz
|
||||||
|
fmax : 1000Hz
|
||||||
|
duration : 1s
|
||||||
|
pause : 1s
|
||||||
|
repeats : 100
|
||||||
|
Analysis:
|
||||||
|
intrace : [ V-1, EOD, LocalEOD-1, GlobalEFieldStimulus ]
|
||||||
|
size : [ "1024", "64", "128", "256", "512", "1024", "2048", "4096", "8192", "16384", "32768", "65536", "131072", "262144", "524288", "1048576" ]
|
||||||
|
overlap : true
|
||||||
|
window : [ Hanning, Bartlett, Blackman, Blackman-Harris, Hamming, Hanning, Parzen, Square, Welch ]
|
||||||
|
plotstdevs : true
|
||||||
|
plotcoherence: true
|
||||||
|
plotdecibel : false
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: Wait
|
||||||
|
absdate: false
|
||||||
|
date : ~
|
||||||
|
days : 0days
|
||||||
|
time : "00:00:00.000"
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: BridgeTest
|
||||||
|
amplitude : 1V
|
||||||
|
duration : 10ms
|
||||||
|
pause : 100ms
|
||||||
|
average : 10
|
||||||
|
skipspikes : true
|
||||||
|
dynamicrange: false
|
||||||
|
rate : 0.01
|
||||||
|
plottrace : true
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: CalibrateSyncPulse
|
||||||
|
imin : -1
|
||||||
|
imax : 1
|
||||||
|
istep : 0.001
|
||||||
|
skipwin : 1000ms
|
||||||
|
duration: 1000ms
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: CapacityCompensation
|
||||||
|
amplitude : 1V
|
||||||
|
duration : 200ms
|
||||||
|
frequency : 100Hz
|
||||||
|
showcycles : 10
|
||||||
|
pause : 100ms
|
||||||
|
average : 10
|
||||||
|
skipspikes : true
|
||||||
|
dynamicrange: false
|
||||||
|
rate : 0.01
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: Iontophoresis
|
||||||
|
durationpos : 1s
|
||||||
|
amplitudepos : 1V
|
||||||
|
pausepos : 1s
|
||||||
|
durationneg : 1s
|
||||||
|
amplitudeneg : 1V
|
||||||
|
pauseneg : 1s
|
||||||
|
fortunes : true
|
||||||
|
fortuneperiod: 10s
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: SetLeak
|
||||||
|
interactive : true
|
||||||
|
preset : [ previous, zero, custom ]values
|
||||||
|
g : 0nS
|
||||||
|
E : 0mV
|
||||||
|
reversaltorest: true
|
||||||
|
involtage : [ V-1, EOD, LocalEOD-1, GlobalEFieldStimulus ]
|
||||||
|
duration : 100ms
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: SetVGate
|
||||||
|
interactive : true
|
||||||
|
preset : [ previous, zero, custom ]values
|
||||||
|
g : 0nS
|
||||||
|
E : 0mV
|
||||||
|
vmid : 0mV
|
||||||
|
width : 0mV
|
||||||
|
tau : 10ms
|
||||||
|
reversaltorest: true
|
||||||
|
involtage : [ V-1, EOD, LocalEOD-1, GlobalEFieldStimulus ]
|
||||||
|
duration : 100ms
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: Beats
|
||||||
|
Stimulation:
|
||||||
|
name : ~
|
||||||
|
duration : 10seconds
|
||||||
|
pause : 20seconds
|
||||||
|
ramp : 0.5seconds
|
||||||
|
deltafrange : "10"Hz
|
||||||
|
deltafshuffle: [ Up, Down, AlternateInUp, AlternateInDown, AlternateOutUp, AlternateOutDown, Random, PseudoRandom ]
|
||||||
|
fixeddf : false
|
||||||
|
amplitude : 1mV/cm
|
||||||
|
amtype : [ none, sine, rectangular ]
|
||||||
|
amfreq : "1"Hz
|
||||||
|
amamplitude : "100"%
|
||||||
|
repeats : 10
|
||||||
|
fakefish : 0Hz
|
||||||
|
Chirps:
|
||||||
|
generatechirps : false
|
||||||
|
chirpsize : 100Hz
|
||||||
|
chirpwidth : 100ms
|
||||||
|
chirpampl : 0%
|
||||||
|
chirpkurtosis : 1
|
||||||
|
chirpfrequencies: ~Hz
|
||||||
|
chirptimesfile : ~
|
||||||
|
chirptimeshuffle: [ Up, Down, AlternateInUp, AlternateInDown, AlternateOutUp, AlternateOutDown, Random, PseudoRandom ]
|
||||||
|
Analysis:
|
||||||
|
before : 1seconds
|
||||||
|
after : 1seconds
|
||||||
|
averagetime : 1seconds
|
||||||
|
usepsd : true
|
||||||
|
mineodfreq : 100Hz
|
||||||
|
maxeodfreq : 2000Hz
|
||||||
|
eodfreqprec : 1Hz
|
||||||
|
neod : 2
|
||||||
|
showstimulus: false
|
||||||
|
split : false
|
||||||
|
savetraces : false
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: CalibEField
|
||||||
|
General:
|
||||||
|
reset : false
|
||||||
|
resetval : 0.1
|
||||||
|
am : false
|
||||||
|
beatfreq : 20Hz
|
||||||
|
frequency: 600Hz
|
||||||
|
duration : 600ms
|
||||||
|
pause : 10ms
|
||||||
|
Range:
|
||||||
|
amplsel : [ contrast, amplitude ]
|
||||||
|
targetcontrast : 20%
|
||||||
|
mincontrast : 10%
|
||||||
|
maxcontrast : 40%
|
||||||
|
targetamplitude: 1mV/cm
|
||||||
|
minamplitude : 0.5mV/cm
|
||||||
|
maxamplitude : 2mV/cm
|
||||||
|
numintensities : 10
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: CalibrateRobot
|
||||||
|
robot: robot-1
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: DualBeat
|
||||||
|
Stimulus:
|
||||||
|
rewarded : [ A, B ]
|
||||||
|
eodf : 0.0Hz
|
||||||
|
duration : 10seconds
|
||||||
|
deltafA : 25.0Hz
|
||||||
|
harmonicA : false
|
||||||
|
amplitudeA: 1.000V
|
||||||
|
deltafB : -50.0Hz
|
||||||
|
harmonicB : false
|
||||||
|
amplitudeB: 1.000V
|
||||||
|
Experiment:
|
||||||
|
noFish : false
|
||||||
|
randomizeAmpl : true
|
||||||
|
amplitudeRange : 20%
|
||||||
|
randomSminus : false
|
||||||
|
sminusRange : 200Hz
|
||||||
|
training : true
|
||||||
|
randomElectrode : true
|
||||||
|
rewardedElectrode: [ "1", "2" ]
|
||||||
|
trainingTrials : 10
|
||||||
|
testTrials : 5
|
||||||
|
testBeat : -25.0Hz
|
||||||
|
testAmplitude : 1.000V
|
||||||
|
stimOff : true
|
||||||
|
rewardInTest : true
|
||||||
|
harmonic : true
|
||||||
|
Setup:
|
||||||
|
scaling1: 1.000
|
||||||
|
scaling2: 1.000
|
||||||
|
EOD estimation:
|
||||||
|
intrace : [ V-1, EOD, LocalEOD-1, GlobalEFieldStimulus ]
|
||||||
|
usepsd : true
|
||||||
|
mineodfreq : 100Hz
|
||||||
|
maxeodfreq : 2000Hz
|
||||||
|
eodfreqprec: 1Hz
|
||||||
|
averagetime: 2s
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: EFieldGeometry
|
||||||
|
Enviroment data:
|
||||||
|
temperature : 26°C
|
||||||
|
conductivity: 330µS
|
||||||
|
water_level : 20cm
|
||||||
|
Measurement data:
|
||||||
|
robot : robot-1
|
||||||
|
type : ~
|
||||||
|
distance : 0mm
|
||||||
|
head_length : 20mm
|
||||||
|
tail_length : 20mm
|
||||||
|
width_posY : 50mm
|
||||||
|
width_negY : 50mm
|
||||||
|
height : 50mm
|
||||||
|
depth : 50mm
|
||||||
|
step_length_x: 5mm
|
||||||
|
step_length_y: 5mm
|
||||||
|
step_length_z: 5mm
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: JAR
|
||||||
|
Stimulation:
|
||||||
|
duration : 10seconds
|
||||||
|
pause : 10seconds
|
||||||
|
ramp : 0.5seconds
|
||||||
|
deltafstep : 2Hz
|
||||||
|
deltafmax : 12Hz
|
||||||
|
deltafmin : -12Hz
|
||||||
|
deltafrange : ~
|
||||||
|
deltafshuffle: [ Up, Down, AlternateInUp, AlternateInDown, AlternateOutUp, AlternateOutDown, Random, PseudoRandom ]
|
||||||
|
repeats : 200
|
||||||
|
Amplitudes:
|
||||||
|
amplsel : [ contrast, absolute ]
|
||||||
|
contrastmax : 20%
|
||||||
|
contrastmin : 10%
|
||||||
|
contraststep: 20%
|
||||||
|
amplmin : 1mV/cm
|
||||||
|
amplmax : 2mV/cm
|
||||||
|
amplstep : 1mV/cm
|
||||||
|
S&timulus:
|
||||||
|
genstim : true
|
||||||
|
sinewave: true
|
||||||
|
file : ~
|
||||||
|
sigstdev: 1
|
||||||
|
warpfile: false
|
||||||
|
fakefish: 0Hz
|
||||||
|
A&nalysis:
|
||||||
|
before : 1seconds
|
||||||
|
after : 8seconds
|
||||||
|
savetraces : true
|
||||||
|
jaraverage : 500ms
|
||||||
|
chirpaverage: 20ms
|
||||||
|
eodsavetime : 1000ms
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: LinearField
|
||||||
|
duration: 1s
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: ManualJAR
|
||||||
|
deltaf : 0.0Hz
|
||||||
|
lineardeltaf : false
|
||||||
|
deltaf2 : 0.0Hz
|
||||||
|
amplitude : 1.0mV
|
||||||
|
duration : 10seconds
|
||||||
|
ramp : 0.5seconds
|
||||||
|
fakefish : 0Hz
|
||||||
|
showlineardeltaf: false
|
||||||
|
before : 1seconds
|
||||||
|
after : 1seconds
|
||||||
|
averagetime : 1seconds
|
||||||
|
split : false
|
||||||
|
savetraces : false
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: BaselineActivity
|
||||||
|
Timing:
|
||||||
|
duration: 300ms
|
||||||
|
repeats : 0
|
||||||
|
Analysis:
|
||||||
|
isimax : 20ms
|
||||||
|
isistep : 0.2ms
|
||||||
|
ratedt : 0.05ms
|
||||||
|
ratetmax: 2ms
|
||||||
|
Files:
|
||||||
|
eodduration : 2000ms
|
||||||
|
saveeodtrace: false
|
||||||
|
saveeodtimes: false
|
||||||
|
Control:
|
||||||
|
auto : [ never, once, always ]
|
||||||
|
adjust: false
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: Chirps
|
||||||
|
Chirp parameter:
|
||||||
|
nchirps : 10
|
||||||
|
beatpos : 10
|
||||||
|
beatstart : 0.25
|
||||||
|
minspace : 200ms
|
||||||
|
firstspace : 200ms
|
||||||
|
chirpsize : 60Hz
|
||||||
|
chirpwidth : 14ms
|
||||||
|
chirpampl : 2%
|
||||||
|
chirpsel : [ generated, from file ]
|
||||||
|
chirpkurtosis: 1
|
||||||
|
file : [ /home/efish/Desktop/doublePeakChirp.dat, ~, /home/efish/Desktop/doublePeakChirp.dat ]
|
||||||
|
Beat parameter:
|
||||||
|
deltaf : 10Hz
|
||||||
|
contrast: 20%
|
||||||
|
am : true
|
||||||
|
sinewave: true
|
||||||
|
playback: false
|
||||||
|
pause : 1000ms
|
||||||
|
repeats : 16
|
||||||
|
Analysis:
|
||||||
|
sigma : 2ms
|
||||||
|
adjust: false
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: FICurve
|
||||||
|
Test-Intensities:
|
||||||
|
duration : 400ms
|
||||||
|
maxintfac : 130%
|
||||||
|
minintfac : 70%
|
||||||
|
nints : 10
|
||||||
|
repeats : 1
|
||||||
|
blockrepeats : 10
|
||||||
|
singlerepeats: 1
|
||||||
|
intshuffle : [ AlternateOutUp, Up, Down, AlternateInUp, AlternateInDown, AlternateOutUp, AlternateOutDown, Random, PseudoRandom ]
|
||||||
|
intincrement : -2
|
||||||
|
Pre-Intensities:
|
||||||
|
preduration : 0ms
|
||||||
|
maxpreintfac : 140%
|
||||||
|
minpreintfac : 60%
|
||||||
|
npreints : 3
|
||||||
|
preintshuffle: [ AlternateInDown, Up, Down, AlternateInUp, AlternateInDown, AlternateOutUp, AlternateOutDown, Random, PseudoRandom ]
|
||||||
|
Control:
|
||||||
|
am : true
|
||||||
|
pause : 1000ms
|
||||||
|
delay : 200ms
|
||||||
|
onsettime : 50ms
|
||||||
|
rangeintincrement: 4
|
||||||
|
minrate : 40Hz
|
||||||
|
minratefrac : 15%
|
||||||
|
adjust : false
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: FileStimulus
|
||||||
|
General:
|
||||||
|
name: ~
|
||||||
|
Stimulus:
|
||||||
|
file : [ /home/efish/stimuli/whitenoise/dennis/InputArr_400hz_30s.dat, /home/efish/stimuli/whitenoise/dennis/InputArr_400hz_30s.dat, /home/efish/stimuli/whitenoise/dennis/InputArr_350to400hz_30s.dat, /home/efish/stimuli/whitenoise/gwn300Hz50s0.3.dat, ~, /home/efish/stimuli/whitenoise/gwn50Hz50s0.3.dat, /home/efish/stimuli/whitenoise/dennis/InputArr_250hz_30s.dat, /home/efish/stimuli/whitenoise/dennis/InputArr_50to100hz_30s.dat ]
|
||||||
|
sigstdev : 0.25
|
||||||
|
duration : 20000ms
|
||||||
|
pause : 1000ms
|
||||||
|
amplsel : [ contrast, absolute ]
|
||||||
|
contrast : 20%
|
||||||
|
amplitude: 1mV/cm
|
||||||
|
am : true
|
||||||
|
repeats : 5
|
||||||
|
Additional noise:
|
||||||
|
noisetype : [ none, Gaussian-White, Ornstein-Uhlenbeck ]
|
||||||
|
uppercutoff : 600Hz
|
||||||
|
lowercutoff : 0Hz
|
||||||
|
noisetau : 10ms
|
||||||
|
noisecontrast: 0%
|
||||||
|
noiseampl : 80mV/cm
|
||||||
|
Analysis:
|
||||||
|
binwidth: 5ms
|
||||||
|
before : 0ms
|
||||||
|
after : 0ms
|
||||||
|
plotpsd : true
|
||||||
|
psdsize : [ "256", "64", "128", "256", "512", "1024", "2048", "4096", "8192", "16384", "32768", "65536", "131072", "262144", "524288", "1048576" ]
|
||||||
|
adjust : false
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: MovingObjects
|
||||||
|
Movement:
|
||||||
|
startpos : [ 0, 0, 0 ]
|
||||||
|
traveldist : 0mm
|
||||||
|
travelspeed : 40mm/s
|
||||||
|
movementaxis: [ x, y, z ]
|
||||||
|
repeats : 1
|
||||||
|
pause : 1.5s
|
||||||
|
object : [ pvc comb 4cm, pvc comb 1cm, perspex bar, metal sphere ]
|
||||||
|
Parameter space:
|
||||||
|
distmin : 0mm
|
||||||
|
distmax : 0mm
|
||||||
|
diststep : 1mm
|
||||||
|
speedmin : 0mm/s
|
||||||
|
speedmax : 0mm/s
|
||||||
|
speedstep: 0mm/s
|
||||||
|
Robot setup:
|
||||||
|
xmapping: [ y, z, x ]
|
||||||
|
xinvert : true
|
||||||
|
ymapping: [ z, x, y ]
|
||||||
|
yinvert : false
|
||||||
|
zmapping: [ x, y, z ]
|
||||||
|
zinvert : false
|
||||||
|
safepos : [ 0, 0, 0 ]
|
||||||
|
outpos : [ 0, 0, 0 ]
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: ReceptiveField
|
||||||
|
2D search:
|
||||||
|
name : ~
|
||||||
|
xmin : 0mm
|
||||||
|
xmax : 0mm
|
||||||
|
xspeed : 10mm/s
|
||||||
|
ymin : 0mm
|
||||||
|
ymax : 0mm
|
||||||
|
yspeed : 10mm/s
|
||||||
|
zpos : 5mm
|
||||||
|
followmidline: true
|
||||||
|
npasses : 1
|
||||||
|
pause : 1000ms
|
||||||
|
Stimulation:
|
||||||
|
deltaf : 50Hz
|
||||||
|
amplitude: 1mV
|
||||||
|
Analysis:
|
||||||
|
nfft : 1024
|
||||||
|
nshift : 128
|
||||||
|
kernelwidth: 0.001ms
|
||||||
|
Robot setup:
|
||||||
|
robotdev : robot-2
|
||||||
|
xmapping : [ y, z, x ]
|
||||||
|
xinvert : true
|
||||||
|
ymapping : [ z, x, y ]
|
||||||
|
yinvert : false
|
||||||
|
zmapping : [ x, y, z ]
|
||||||
|
zinvert : false
|
||||||
|
safex : 350mm
|
||||||
|
safey : 0mm
|
||||||
|
safez : 0mm
|
||||||
|
taxispeed: 40mm/s
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: RobotToFishPosition
|
||||||
|
Position:
|
||||||
|
destination : 0mm
|
||||||
|
followmidline: true
|
||||||
|
Robot setup:
|
||||||
|
xmapping: [ y, z, x ]
|
||||||
|
xinvert : true
|
||||||
|
ymapping: [ z, x, y ]
|
||||||
|
yinvert : false
|
||||||
|
zmapping: [ x, y, z ]
|
||||||
|
zinvert : false
|
||||||
|
|
||||||
|
*RePro: SAM
|
||||||
|
General:
|
||||||
|
name: ~
|
||||||
|
Stimulus:
|
||||||
|
duration : 400ms
|
||||||
|
pause : 100ms
|
||||||
|
freqsel : [ relative to EOD, absolute ]
|
||||||
|
deltaf : 20Hz
|
||||||
|
contrast : 20%
|
||||||
|
repeats : 0
|
||||||
|
am : true
|
||||||
|
sinewave : true
|
||||||
|
ampl : "0.0"
|
||||||
|
phase : "0.0"pi
|
||||||
|
contrastsel: [ fundamental, peak amplitude ]
|
||||||
|
Analysis:
|
||||||
|
skip : 0.5Periods
|
||||||
|
ratebins: 10
|
||||||
|
before : 0ms
|
||||||
|
after : 0ms
|
||||||
|
adjust : false
|
||||||
|
|
||||||
|
*Attenuator-0
|
||||||
|
plugin : LinearAttenuate
|
||||||
|
ident : Attenuator-0
|
||||||
|
device : attdev-1
|
||||||
|
line : 0
|
||||||
|
aodevice : ao-1
|
||||||
|
aochannel : 0
|
||||||
|
intensityname : amplitude
|
||||||
|
intensityunit : mV/cm
|
||||||
|
intensityformat: %6.3f
|
||||||
|
frequencyname : ~
|
||||||
|
frequencyunit : Hz
|
||||||
|
frequencyformat: %7.0f
|
||||||
|
gain : 0.91411
|
||||||
|
offset : 0
|
||||||
|
|
||||||
|
*Attenuator-1
|
||||||
|
plugin : LinearAttenuate
|
||||||
|
ident : Attenuator-1
|
||||||
|
device : attdev-1
|
||||||
|
line : 1
|
||||||
|
aodevice : ao-1
|
||||||
|
aochannel : 1
|
||||||
|
intensityname : amplitude
|
||||||
|
intensityunit : mV/cm
|
||||||
|
intensityformat: %6.3f
|
||||||
|
frequencyname : ~
|
||||||
|
frequencyunit : Hz
|
||||||
|
frequencyformat: %7.0f
|
||||||
|
gain : 0.059032
|
||||||
|
offset : 0
|
||||||
|
|
||||||
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